DC Omnibus # 29 | Batman di Scott Snyder e Greg Capullo, vol 1

Tornato a indossare il manto di Batman, Bruce Wayne, aiutato da Dick Grayson travestito dal Joker, sventa la fuga da Arkham di alcuni dei criminali più pericolosi di Gotham City. Al Commissario Gordon riferisce che la tentata evasione è stata provocata da una guardia corrotta di nome Dan Matthews. Quella stessa sera, Bruce, insieme a Dick, Tim Drake e Damian Wayne, organizza una serata di gala, nel corso della quale annuncia di voler ristrutturare e, in certi casi, ricostruire da zero alcune zone di Gotham City. Terminato il suo discorso, Bruce incontra Vicki Vale, giornalista del Gotham Gazette, che gli presenta il candidato sindaco Lincoln March favorevole con Wayne sul progetto. Nel corso della chiaccherata, Bruce nota che il Commissario Gordon riceve una chiamata di lavoro e con le sue nuove lenti, che gli consentono tra le altre cose di leggere il labbiale, viene a sapere del ritrovamento di un cadavere. Salutato elegantemente il suo ospite, Bruce indossa il costume di Batman e raggiunge il detective Harvey Bullock sulla scena del crimine. All'interno di un appartamento fatiscente è stato ritrovato il corpo di un uomo di mezza età dall'identità ancora sconosciuta inchiodato alla parete da una serie di coltelli che portano sul manico il simbolo di un gufo. Inoltre, Batman trova alcuni tessuti sotto le unghie della vittima, che manda subito ad analizzare. Il tempo di scoprire un messaggio con una minaccia di morte indirizzata a Bruce Wayne, che il nostro eroe riceve una chiamata dal fido Alfred che lo informa che i campioni di DNA che ha raccolto appartengono a Dick Grayson.

Fermato un gruppo di ladri che stavano cercando di rubare delle antiche statue dal museo di Gotham, Batman, a bordo del suo batciclo, torna alla batcaverna dove ha modo di collegarsi all'obitorio di Gotham e interloquire con il commissario Gordon aiutandolo a esaminare il corpo della misteriosa vittima trovata accoltellata e recante una minaccia di morte a Bruce Wayne. Utilizzando un sofisticato sistema di scansione a distanza, il Cavaliere Oscuro è in grado di trovare sul dente della vittima lo stesso simbolo presente sui coltelli. Gordon ricorda una vecchia filastrocca che parla della Corte dei Gufi, una misteriosa setta che governerebbe il destino della città e che il nostro protagonista ha sempre considerata una leggenda urbana. Riguardo al DNA di Dick Grayson trovato sulle unghie dell'uomo, Dick riferisce a Bruce di essere stato avvicinato dall'uomo ieri l'altro e che questi, afferrandogli il braccio, aveva iniziato a farneticare sulla Corte dei Gufi. I filmati della sorveglianza dimostrano la veridicità delle sue parole. Poco più tardi Bruce Wayne si reca alla Torre Wayne, l'antica costruzione progettata da suo nonno, per incontrare il candidato a sindaco Lincoln March. Questi gli ribadisce di essere entusiasta del suo progetto di rinnovamento della città e gli confida di essere anche lui rimasto orfano da piccolo. Improvvisamente compare un uomo mascherato con un costume nero, uno degli Artigli della Corte, che dopo aver colpito March con un coltello all'addome, annuncia a Wayne la sua fine lo getta dalla vetrata della torre. I due cadono entambi ma Bruce riesce ad afferrare uno dei gargoyle ed evitare l'impatto a suolo. Il sicario misterioso, nonostante la caduta, sopravvive e si allontana.

Batman interroga alcuni criminali legati alle bande che controllano le gallerie sotterrane di Gotham senza però ottenere alcuna informazione riguardo il misterioso assalitore mascherato che ha tentato di uccidere Bruce Wayne. Tornato alla batcaverna, Batman analizza la registrazione dell'attacco cercando di capire il motivo per cui l'aggressore abbia dichiarato che adora uccidere gli Wayne. Nonostante sia ancora incerto a proposito della reale esistenza della Corte dei Gufi, il nostro protagonista ascolta con interesse la parole di Alfred il quale, dopo avergli detto che i gufi sono i naturali predatori del pipistrello, gli racconta che Alan Wayne, suo bisnonno, soffriva di una particolare forma di paranoia verso quei volatili tanto da pensare che stessero cospirando contro di lui. Aveva persino fatto sprangare le finestre temendo che di notte lo venissero a prendere. Successivamente si convinse che i gufi si annidassero nella sua casa, tra le sue pareti. Venne ritrovato morto annegato nelle fogne della città e tutti pensarono si fosse trattato di un incidente. Dopo una visita a Lincoln March, ricoverato all'ospedale per essere rimasto ferito nell'agguato, Bruce ricorda che il suo bisnonno era un uomo superstizioso al punto che aveva fatto rimuovere il tredicesimo piano dalla Torre che fece costruire. Tuttavia, per rispettare la superstizione, bisognava comunque lasciare un piccolo spazio, una intercapedine, tra il dodicesimo e il quattordicesimo. Uno spazio inaccessibile al cui interno Batman scopre uno dei nidi della Corte dei Gufi. Nelle stanze, oltre ad armi, simboli di Gufo, e il costume dell'Artiglio, l'assassino che lo ha aggredito, Batman nota alla parete delle fotografie di varie epoche che mostrano delle persone con delle maschere di gufo. Istintivamente, Bruce chiede ad Alfred gli indirizzi di ogni edificio fatto costruire dalla Alan Wayne Trust, il fondo fiduciario di suo nonno. Il suo sospetto è che ognuno di questi edifici ospiti un nascondiglio della Corte dei Gufi. Batman non fa in tempo a lasciare il covo che la Corte gli tende una trappola, facendo esplodere il piano in cui si trovava.

Durante un sopralluogo in una delle basi della Corte dei Gufi - la misteriosa loggia nascosta nell'ombra che impone la sua legge grazie a un assassino chiamato Artiglio - Batman rimane coinvolo in una esplosione riuscendo a salvarsi gettandosi dalla finestra. Tornato alla batcaverna, il nostro protagonista si mette ad analizzare i resti appartenenti ad Alan Wayne venendo raggiunto da Dick che gli confida di temere che stia sottovalutando il suo nemico. Bruce gli risponde che cerca di essere obiettivo e di non voler farsi trasportare dall'emotività. Quando era piccolo, subito dopo la scomparsa dei suoi genitori, Bruce si era convinto che dietro la loro morte ci fosse la Corte. In modo ossessivo aveva iniziato a raccogliere indizi rivolgendo la sua attenzione sulle persone influenti di Gotham City. Tutte le sue ricerche però non portarono a nulla e alla fine si dovette arrendere all'evidenza che la Corte dei Gufi era solo una leggenda urbana e che la necessità della sua esistenza era solo il bisogno di dare un senso a un orrore troppo grande da accettare. A questo punto, dal momento che dalle analisi compiute sui resti di Alan Wayne risulta che suo bisnonno sia stato accoltellato ripetutamente, Batman decide di cercare indizi tra le fognature, lì dove era stato ritrovato il cadavere. Improvvisamente dall'oscurità appare l'Artiglio che scaraventa Batman nelle profondità della città in quello che sembra essere un inquetante labirinto.

Batman è scomparso da almeno otto giorni. Dick, Damian e tutti gli altri lo cercano in lungo e largo senza nessun risultato mentre James Gordon tiene acceso il bat-segnale nella speranza di un suo ritorno. Batman sta vivendo un incubo. E' stato intrappolato dalla Corte dei Gufi in un gigantesco labirinto sotterraneo dove vaga senza cibo e con poca acqua, probabilmente drogata, in preda alle allucinazioni. Durante la sua peregrinazione, Batman si ritrova a visitare sempre le stesse stanze, da quelle con le pareti coperte dalle foto delle loro vittime a quelle con delle bare di tutti coloro che sono stati, da generazioni, iniziati alla corte, per diventare assassini. Dopo una serie di visioni, tra cui quella in cui i suoi genitori si trasformano in gufi e lo attaccano, Batman, stremato e disperato, viene colpito alla spalle da un Artiglio che lo infilza da parte a parte. Nello stesso istante, il bat-segnale sul tetto della centrale di polizia si fulmina e si spegne.

Debilitato dai giorni trascorsi nel labirinto sotterraneo della Corte dei Gufi, Batman viene ferito dall'Artiglio che poi chiede ai membri della Corte in quale modo vogliono che lo uccida. I Gufi - ognuno con il viso coperto da una maschera - lasciano la parola a una bambina la quale con una insana crudeltà stabilisce che l'eroe venga ammazzato di botte. Privo di ogni forza per reagire, Batman viene ripetutamente colpito dall'Artiglio fino a quando, ricordandosi del povero nonno massacrato dalla Corte, raccoglie le ultime forze e inizia ad attaccare il suo avversario. Con un brutale impeto il nostro eroe capovolge la situazione e sconfigge l'Artiglio, sfruttando un esplosivo di fortuna per distruggere parte della struttura e così trovare un varco per poter fuggire. Meravigliato dalla forza del crociato incappucciato, il gufo a capo della setta ordina di fare scomparire Wllian Cobb, l'Artiglio sconfitto da Batman, e di risvegliare gli altri artigli che fino ad ora riposavano dentro delle bare in una stanza.

Batman è riuscito a fuggire dal labirinto sotterraneo della Corte dei Gufi. Stremato e quasi in fin di vita, il crociato incappucciato, dopo essere stato raccolto e rianimato da una ragazza di nome Harper, raggiunge la batcaverna dove viene subito soccorso da Alfred. Spaventato per la presenza dell'Artiglio all'interno del rifugio, il fedele maggiordomo lo rassicura dicendogli di averlo trovato morto poco distante dal luogo in cui per un istante hanno intercettato il segnale della tuta di Batman. Incurante delle sue ferite, Bruce si mette subito ad analizzare il cadavere trovando nel suo corpo una sostanza in grado di rianimare i tessuti morti. In quel momento il nostro protagonista viene raggiunto da Dick che gli chiede se ha scoperto chi sia l'Artiglio. Bruce gli risponde che si tratta del suo bisnonno, William Cobb. Sconvolto, Nightwing perde il controllo ma Batman lo colpisce con un pugno facendogli saltare un dente all'interno del quale viene rinvenuto un sigillo con il simbolo dei Gufi, lo stesso usato per liberare la sostanza con cui i Gufi forgiano i loro Artigli. Bruce ha scoperto che il Circo Haly, quello in cui morirono i genitori di Dick, proponeva alla Corte una serie di ragazzi scelti tra gli acrobati per diventare Artigli. Nightwing era destinato a diventare il prossimo Artiglio ma dopo essere stato adottato da Bruce probabilmente non fu possibile per i Gufi usarlo. Nel frattempo i membri della Corte dei Gufi, risvegliano numerosi Artigli ordinandogli di riprendersi il loro regno, la città di Gotham.

Nel buio di Villa Wayne, Bruce, in compagnia di Alfred, si rammarica per aver trascurato la minaccia rappresentata dalla Corte dei Gufi. Improvvisamente i due vengono allertati da alcuni rumori e Bruce si precipita nella batcaverna mentre Alfred cerca di capire chi possa essere l'intruso. In breve tempo la villa viene invasa da numerosi Artigli, gli assassini risvegliati dai Gufi, inviati a uccidere Bruce Wayne. Cercando di contattare Alfred, anche lui alle prese con gli Artigli, Bruce cerca di respingere gli invasori anche se il loro numero aumenta. Rifugiatosi nella batcaverna Bruce si ricongiunge ad Alfred, arrivato tramite uno dei tanti passaggi segreti, fermando un altro Artiglio che era riuscito a penetrare all'interno. Bruce chiede ad Alfred di analizzare un microchip trovato all'interno del guanto dell'Artiglio mentre lui, dopo aver messo la temperatura della caverna sotto zero, indossa una possente armatura cercando di repingere gli Artigli che premono dietro la porta.

Batman, supportato da una armatura potenziata, cerca di respingere gli Artigli che hanno invaso villa Wayne. Tra pochi minuti la temperatura della caverna si abbasserà e a quel punto il fattore rigenerante degli Artigli smetterà di funzionare. Nel frattempo Batman combatte contro i suoi avversari che iniziano a distruggere pezzo dopo pezzo la sua armatura. Prima di perdere conoscenza uno stormo di pipistrelli attacca furiosamente gli Artigli permettendo al Cavaliere Oscuro di recuperare le forze e fermare definitivamente i suoi nemici. Contattato i suoi alleati che lo aggiornano della situazione, Batman si precipita al manicomio Arkham per salvare la vita di Lincoln March, uno degli obiettivi dei Gufi. Arriva però troppo tardi e March, pugnalato da un Artiglio, prima di morire gli consegna un foglietto che contiene tre nomi che potrebbero appartenere alla Corte dei Gufi.

Batman si presenta alla residenza dei Powers, una delle più ricche famiglie di Gotham, e intimidendo la moglie di Joseph Powers, uno dei nomi appartenenti alla Corte dei Gufi, riesce a risalire al luogo in cui si trova il marito, ovvero Harbor House, l'edificio in cui, da ragazzo, iniziò a cercare indizi sulla misteriosa setta. Venuto a sapere da Alfred che tutti gli Artigli sono stati fermati, Batman penetra nell'edificio apparentemente abbandonato scoprendo in una sala nascosta che tutti i membri della Corte dei Gufi si sono suicidati bevendo un vino avvelenato. Tornato a casa, Bruce ripensa a quanto accaduto. Qualcosa non gli torna e ha la sensazione che dietro a tutto ci sia sempre stato qualcuno. Osservando il quadro dei suoi genitori ha una intuizione. Prima si precipita all'obitorio dove trova in una cella vuota un biglietto con un messaggio e poi si reca in un vecchio orfanotrofio abbandonato dove trova ad aspettarlo Lincoln March. Membro della Corte dei Gufi, March immobilizza Batman con una rete metallica rivelandogli di aver inscenato la sua morte e quella degli altri membri avvelenandoli e facendolo sembrare un suicidio. L'uomo gli dice di conoscere la sua identità per poi rivelargli di essere Thomas Wayne Jr., suo fratello. Batman gli dice che è pazzo, di non avere mai avuto un fratello ma Lincoln March, una identità fittizia, gli spiega di essere nato prematuro e per questo i suoi genitori, poco prima di morire, lo affidarono in gran segreto a quella che un tempo era un eccellente clinica pediatrica. A questo punto Batman viene liberato e March, indossato una armatura evoluto di un Artiglio, diventa il Gufo e sfida il pipistrello in combattimento.

Batman e il Gufo, l'uomo che dice di essere suo fratello, si affrontano in un combattimento che partendo dal vecchio orfanotrofio prosegue nei cieli di Gotham. Lincoln March, convinto di essere figlio di Martha e Thomas Wayne, gli racconta di come è cresciuto aspettando che il fratello lo andasse a salvare. Quando si rese conto che non sarebbe mai arrivato decise di avvicinarsi ai gufi e grazie a loro prendere il controllo di Gotham. La battaglia prosegue senza sosta portando i due avversari a precipitare nel palazzo della Wayne Tower in costruzione. Lincoln intende distruggere il palazzo con loro all'interno visto che, a differenza di Batman, è sicuro di tornare in vita grazie alla sostanza che gli circola nel sangue. Nel momento in cui viene attivato l'esplosivo, il Cavaliere Oscuro riesce a divincolarsi e lasciandosi cadere nella tromba dell'ascensore riesce a salvarsi. Tornato a casa Bruce, dopo essersi viene raggiunto da Dick che lo aggiorna sullo stato attuale della Corte dei Gufi e degli Artigli confermando che tutto é sotto controllo. Rispondendo alle domande di Dick che gli chiede del suo presunto fratello, Bruce ammette che sua madre partorì veramente un secondo figlio che però morì dodici ore dopo la sua nascita. Bruce ipotizza che la Corte dei Gufi potrebbe essere venuta a conoscenza di queste informazioni per convincere Lincoln ad essere suo fratello e solo quando potrà analizzare il DNA avrà la certezza della veridicità delle sue parole.

Harper Raw, una ragazza della perferia di Gotham che lavora per la compagnia elettrica, si trova spesso a difendere suo fratello Cullen che viene tartassato dai bulli del quartiere per via della sua omosessualità. Una notte, mentre tornano a casa, Cullen e Harper vengono avvicinati dai teppisti che più volte avevano aggredito il ragazzo. Uno di questi colpisce Cullen con un pugno ed Harper, con rabbia, usa un teaser mandandolo al tappeto. Quando altri teppisti si uniscono alla banda e per i ragazzi si mette male interviene Batman che mette in fuga gli aggressori. Da quel momento Harper inizia ad avere un ammirazione quasi ossessiva per il Cavaliere Oscuro che la porta ad analizzare i filmati delle telecamere sparse per la città e scoprire che in tutti quelli in cui Batman compare, quello spezzone di filmato risulta cancellato. Incuriosita comincia ad indagare i percorsi elettrici della città, scoprendo che Batman non solo è in possesso di una propria rete che a sua volta è collegata a quella della città, ma fa anche in modo di donare energia alla stessa, succhiando in segreto energia delle industrie Wayne. Questo spiega come mai la rete elettrica di Gotham, nonostante sia molto vecchia, risulta sempre efficiente. Desiderosa di dare il suo contributo, Harper scende nelle fogne per aggiustare uno dei congegni installati da Batman trovato manomesso assistendo a uno scontro tra il Cavaliere Oscuro e lo Squalo Tigre. La ragazza in qualche modo contribuisce all'esito della battaglia e permette a Batman di mettere fuori combattimento il suo avversario. Nonostante venga successivamente rimproverata da Batman per aver rischiato la sua vita, Harper gli dice che, per averla protetta come mai nessuno aveva fatto prima, doveva ripagarlo in qualche modo, e in cuor suo, dubita che smetterà mai di farlo.

Sei anni fa. Cappuccio Rosso e la sua banda rapinano una banca. Uno di loro si rifiuta di uccidere uno dei presenti insospettendo il capo che lo smaschera. L'uomo era in realtà Bruce Wayne infiltratosi nella banda di rapinatori per cercare di catturarli. Non riuscendo a evitare una strage, Bruce - approfittando dell'arrivo della polizia - riesce a fuggire rammaricandosi per il fallimento della sua missione. Utilizzando un mezzo tecnologico, Bruce torna in un bunker tecnologico situato vicino al luogo dove morirono i suoi genitori. Alfred lo contatta chiedendogli di tornare alla villa e alla vita pubblica come Bruce Wayne. Il nostro protagonista gli risponde che quell'uomo è solo una maschera e che in questo momento non ne ha bisogno affermando che è tempo di trovare una soluzione per proteggere Gotham e il nome della sua famiglia. Più tardi, mentre si trova sul tetto a provare un boomerang tecnologico, Bruce riceve la visita del tenente Gordon che gli chiede informazioni sul suo ritorno e se intende occuparsi della Wayne Enterprises. Secondo Gordon, l'uomo che al momento guida l'azienda della sua famiglia, Philip Kane, starebbe realizzando delle attività poco chiare. Bruce gli risponde di non sapere nulla al riguardo così come nega di avere rapporti con il vigilante che ultimamente sta sventando il criminale la cui attività, con me fa notare Gordon, è iniziato proprio con il suo ritorno. Nel frattempo la banda del Cappuccio Rosso si appresta a far saltare in aria la residenza di Bruce Wayne.

Alla Centrale di Polizia di Gotham, il Commissario Gordon si sta intrattenendo con i vari ufficiali quando improvvisamente salta la corrente e l'intero edificio rimane al buio. Nel momento in cui la luce torna per qualche secondo, Gordon intravede il Joker il quale tra una risata e l'altra approfitta dell'oscurità per uccidere un gran numero di poliziotti e recuperare la sua faccia. Tornata la corrente Gordon si ritrova di fronte Batman arrivato troppo tardi per fermare il criminale. Alla Bat-Caverna, il nostro protagonista si confronta con Alfred e Damian cercando di capire quale sia questa volta il folle piano del Joker e perché qualche tempo fa si sia fatto tagliare la faccia da Dollmaker. Mentre Nightwing, Red Robin e Batgirl vengono avvertiti del ritorno del Joker, il criminale appare in un telegiornale locale e muovendo una persona - truccato come lui - come una marionetta, prima gli fa dire che ucciderà il sindaco Hady a mezzanotte e poi lo uccide in diretta televisiva. Tramite un riconoscimento vocale si scopre che l'uomo era il figlio della prima vittima del Joker e notando altre similitudini con il passato Batman ipotizza che il criminale voglia ripercorrere in qualche modo la sua carriera criminale. In serata il sindaco viene sorvegliato a vista da Gordon e da una decina di agenti nella sua abitazione. Batman ha ispezionato l'intero edificio accertandosi che non sia presente la tossina velenosa nei condotti di areazione o nell'acqua. Mentre il cavaliere oscuro ripensa ai recenti avvenimenti ha una intuizione e si rende conto che il vero obiettivo sono i poliziotti trovandoli agonizzanti e avvelenati. Analizzando un campione del loro sangue Batman scopre che il virus è stato realizzato con delle sostanze che lo fanno risalire alla ACE Chemicals, lì dove tutto è iniziato. Recatosi nella vecchia fabbrica, Batman incontra il Joker con indosso il costume di Cappuccio Rosso. Il nostro eroe si rende conto che dietro la maschera non c'è il Joker ma bensì Harley Queen quando improvvisamente viene colpito da un enorme martello facendolo finire dentro una vasca vuota che si chiude ermeticamente. Mentre la vasca inizia a riempirsi di veleno, il Joker si presenta a Villa Wayne e armato di martello si prepara a colpire Alfred.

Intrappolato all'interno di una vasca che si sta riempendo di veleno, Batman utilizza un mini cannone per liberarsi. Tornato a Villa Wayne, Bruce scopre che Alfred è stato rapito dal Joker. Recatosi a casa del commissario Gordon, Batman lo aggiorna sugli ultimi sviluppi temendo per la sua vita dal momento che il Joker gli ha lasciato una musicassetta con il suo nome. Il Cavaliere Oscuro vorrebbe portarlo al sicuro ma Gordon rifiuta di seguirlo. Mentre i due discutono il commissario inizia a sanguinare e Batman lo porta immediatamente in ospedale. Dopo essersi assicurato delle sue condizioni di salute, Batman viene raggiunto da Nightwing il quale viene aggiornato su quanto sta accadendo. Dick è sconvolto dalla notizia che Alfred è stato rapito e chiede a Bruce se il criminale sia riuscito a scoprire la sua identità. Il nostro protagonista lo esclude affermando che il Joker abbia voluto attaccare Bruce Wayne in quanto finanziatore della Batman Incorporated. Notando che il Joker sta ripercorrendo i suoi vecchi crimini, Batman si reca al bacino idrico di Gotham, il luogo del loro primo vero scontro. Arrivato sul posto trova il Joker che lo sta aspettando e che gli dice di essersi portato avanti con il lavoro mostrandogli una dozzina di cadaveri annegati. Batman si scaglia contro il suo nemico ma questi riesce ad immobilizzarlo, intrappolandolo con dei cavi legati a delle dentiere automatiche. Bloccato Batman ai suoi piedi, il Joker gli rivela di conoscere la sua identità e quella dei suoi alleati, di aver annotato tutti i loro segreti in un libro rilegato con la pelle dei pipistrelli prelevati dalla Bat-caverna, e che entro tre giorni saranno tutti morti, uccisi dal Cavaliere Oscuro in persona!

Sul ponte del bacino idrico di Gotham, il Joker utilizza la radio di Batman - momentaneamente legato con dei cavi ai suoi piedi - per annunciare agli alleati del pipistrello di conoscere le loro identità e che entro tre giorni saranno tutti morti per mano dello stesso Batman. Sul posto arriva Harvey Bullock con una dozzina di agenti di polizia che prima viene schernito dal Joker e poi viene attaccato dagli uomini del criminale che nascosti nella boscaglia gli lanciano contro dei razzi esplosivi. Batman nel frattempo si libera e colpendo il Joker con un pugno al volto gli chiede dove si trova Pennyworth. Il clown gli risponde che Alfred è impegnato a preparare una speciale cena per lui e la sua "famiglia", poi lo immobilizza con un veleno e con un calcio le getta nel fiume sottostante. Recuperato dai suoi alleati, Bruce si risveglia nella Bat-Caverna dove Nightwing, Batgirl e gli altri vigilanti gli chiedono spiegazioni sul fatto che il Joker conosca le loro identità. Bruce è convinto che il Joker non sia a conoscenza dei loro segreti e che stia solo giocando con loro per metterli l'uno contro l'altro. Nonostante le sue rassicurazioni, il nostro eroe racconta di aver trovato in passato una carta dello psicopatico clown sul pavimento della Bat-Caverna mettendo ancora di più in agitazione la Bat-famiglia irritata, peraltro, che Bruce avesse deciso di non confidarsi con loro sul rapimento di Alfred. Dopo aver chiesto a Nightwing e compagni di stare in disparte, Batman scopre che le guardie del manicomio criminale di Arkham sono state plagiate dal Joker il quale ha preso il controllo dell'istituto e da tempo sta compiendo dei lavori al suo interno pianificando il suo terribile piano per annichilire il Cavaliere Oscuro.

Batman varca la soglia del manicomio di Arkham trovando il macabro spettacolo che il Joker ha allestito per celebrare il suo "re" - l'appellativo con cui il folle clown si rivolge al nostro eroe. Nelle celle guardie vestite da Batman e il Joker sono costrette a ballare da giorni a piedi nudi nell'acqua. Immaginando che il Joker voglia ucciderli con una scarica elettrica usando l'acqua come conduttore, Batman disattiva i sistemi elettrici della struttura utilizzando poi dei dispositivi per assorbire l'acqua. Proseguendo nei corridoi di Arkham, dopo aver schivato un cavallo in fiamme, e affrontato i detenuti del manicomio criminale, seguendo la voce del Joker giunge in una stanza dove si trova un arazzo assemblato da Dollmaker e composto da un insieme di corpi viventi cuciti insieme in cui viene illustrato gli incontri più rappresentativi tra Batman e il Joker. Dopo aver incontrato in rapida successione Mr. Freeze, Clayface e lo Spaventapasseri, il nostro protagonista entra nell'ufficio del direttore dell'istituto trovando il Joker in compagnia del Pinguino, l'Enigmista e Due Facce, e in un angolo dei civili spaventati costretti a indossare i costumi dei membri della Justice League. Per evitare che i civili vengano uccisi Batman è costretto a entrare in azione ma immediatamente la sua attenzione si rivolge su degli schermi che mostrano Nightwing e il resto dei suoi alleati sconfitti e prigionieri. Il Joker lo schernisce dicendogli che la sua "famiglia" è sempre stata la sua più grande debolezza invitandolo a sedersi su una sorta di sedia elettrica allestita come se fosse un trono altrimenti non scoprira mai dove si trovano i suoi compagni. Rassegnato, Batman si siede sul "trono" e indossato una sorta di corona con degli elettrodi riceve una violenta scarica elettrica nel cervello.

Risvegliato dalla voce del Joker, Batman si ritrova nella Bat-Caverna seduto in un improvvisato trono con Damian, Dick e il resto dei suoi alleati, legati e incappucciati attorno a un tavolo imbandito. Il Joker gli fa notare che i suoi cari sono stati cosparsi di benzina e che se tentasse di alzarsi attiverebbe delle pietre focaie collocate sotto il suo "trono". A questo punto il perverso clown convoca Alfred - vivo ma con il sogghigno provocato dal veleno del Joker - chiamato a rimuovere il cappuccio dei ragazzi. Ognuno di loro è ricoperto da delle bende insanguinate. Sghignazzando, il Joker spiega che li ha vestiti per la festa spogliandoli della loro identità, poi solleva i coperchi dei piatti di fronte a loro, mostrandogli le loro facce conservate nel ghiaccio. Batman assiste con orrore a questo macabro spettacolo urlandogli che è la persona che più odia al mondo. Joker lo provoca chiedendogli perché non ha mai provato a ucciderlo. Batman gli risponde che ucciderlo significherebbe la sua vittoria. Il clown controbatte affermando che vince restando vivo per continuare a uccidere e di essere convinto che in cuor suo vuole che lo liberi dalla sua "famiglia". Costretto ad alzarsi per evitare che il Joker lasci cadere un fiammifero acceso, Batman si libera provocando le scintille che velocemente infiamma il tavolo e i suoi ospiti. Tuttavia il nostro eroe conosce bene la caverna in cui si trovano e colpendo il soffitto con uno dei suoi gadget apre uno squarcio che permette alle acque del fiume di Gotham di riversarsi nella grotta e spegnere le fiamme. Mentre il Joker fugge, Batman scopre che il volto di suo figlio e dei suoi alleati è ancora integro rendendosi conto che il morboso criminale ha solo voluto prendersi gioco di loro. Appena Batman, incitato da Nightwing, si mette all'inseguimento della sua nemesi, la bat-famiglia viene colpito dal veleno del Joker che li costringe a combattere tra di loro. Raggiunto il Joker, Batman lo affronta afferrandolo quando sta per cadere in un dirupo. A questo punto il Cavaliere Oscuro gli dice di conoscere il suo segreto, di aver fatto delle indagini in questo ultimo anno sulla sua famiglia, e avvicinandosi a un orecchio gli sussurra il suo nome. Il Joker si rifiuta di ascoltare e svincolandosi precipita di sotto lasciando brandelli del suo volto e il piccolo diario in pelle nera dei presunti segreti di Batman che il nostro eroe scopre contenere solo pagine vuote. Il mattina dopo, svanito gli effetti del veleno del Joker, Alfred e la bat-famiglia cerca di tornare alla normalità preferendo stare per conto proprio. Sebbene tutti si siano ripresi Bruce ha scoperto un isotopo nella tossina che li ha infettati che non sembra essere particolarmente dannoso. Seduto di fronte al computer nella Bat-Caverna - sul monitor l'identità del Joker rimane sconosciuta - Bruce esamina l'isotopo che ha trovato scoprendo che si tratta di Hahnio e che il simbolo dell'elemento è Ha. L'ultimo scherzo del Joker.

Harper Row accetta di accompagnare suo fratello Cullen nel penitenziario di Blackgate dove si trova rinchiuso il padre. L'incontro non si rivela particolarmente piacevole con il padre, Marcus, che non accetta l'omosessualità del figlio e dice ad Harper di essere stato catturato dal suo "amichetto speciale". Tornata a casa, in serata, Harper indossa il costume e inizia a seguire le tracce di Batman nonostante il crociato incappucciato gli abbia detto di stare lontana da lui. All'inizio Harper l'ha presa come una sfida ma nelle ultime settimane ha notato che Batman, durante gli scontri con i comuni criminali, inizia ad essere avventato, non è più lucido come prima, come se non dormisse da giorni. La ragazza conosce bene questo stato d'animo, gettarsi a capofitto nel lavoro per non pensare al dolore che ti opprime, e inizia a temere che l'eroe che ha preso a modello possa venire prima o poi ferito o peggio. Nel corso di un combattimento tra Batman e dei cani dopati e particolarmente aggressivi, Harper interviene aiutandolo ma invece di venire ringraziata riceve un pugno in faccia. La ragazza in lacrime gli dice che non intende entrare nelle sue grazie ma di essere solo preoccupata per lui. Batman la zittisce ordinandogli di tornare a casa. Il giorno dopo Harper si presenta alla Wayne Tower chiedendo di parlare con Bruce Wayne. Il nostro protagonista, incuriosito, la fa entrare. Harper dice all'uomo che finanzia pubblicamente la Batman Incorporated di essere preoccupata per Batman, il suo investimento, spiegandogli di avere un messaggio da recapitare al Cavaliere Oscuro.. Quella notte Batman incontra Harper scusandosi per il suo comportamento. La ragazza accetta le scuse e Batman ammette di essere stato lui a catturare Marcus Row perché non voleva che tornasse a perseguitarli. Mentre Harper si allontana, sulla facciata della Wayne Tower compare il suo messaggio per Batman e una lettera dopo l'altra viene composta la parola "Resisti".

Il commissario Gordon accorre in una banca dove è in atto una rapina armata. Il rapitore sembra essere Bruce Wayne il quale prima prende una ragazza in ostaggio e poi riesce a fuggire a bordo di una motocicletta.
Sei giorni prima. Bruce Wayne viene informato da Alfred della morte di Brian Wade, uno dei suoi dipendenti. Bruce non è pronto per un altro funerale e chiede che venga mandato Lucius Fox a rappresentare la compagnia. Venuto a sapere che Wade si è suicidato e sapendo che il brillante architetto non aveva motivo di compere un gesto così estremo, il nostro protagonista inizia a indagare venendo a sapere che l'uomo è stato recentemente coinvolto in alcuni strani omicidi. Recatosi negli uffici di Wade, Batman cerca dei documenti che possano far luce sulla vicenda quando appare lo stesso Brian Wade che lo attacca con un lanciafiamme. Batman gli lancia un batarang che lo colpisce in faccia ma l'uomo, ritenuto morto, riesce a fuggire. Tornato alla bat-caverna e analizzando il sangue rinvenuto sul batarang ritrovato, Batman scopre che colui che ha impersonato Wade è in realtà Basil Karlo, il criminale mutaforma conosciuto come Clayface, ora in grado di assumere le sembianze di qualunque individuo e assorbirne il DNA. Tornato nei suoi uffici, Bruce chiama Lucius Fox ma questi si rivela essere proprio Clayface pronto a prendere anche le sue sembianze.

Negli uffici della Wayne Enterprises, Clayface ha attaccato Bruce Wayne spiegandogli di essere ormai capace di acquisire il DNA delle sue vittime e di volere usare questa sua capacità per screditare lui e i suoi avversari. L'obiettivo finale di Clayface è quello di arrivare a Batman per poter assorbire il suo DNA e magari incastrarlo per qualche crimine. Dopo essere stato letteralmente ingoiato dal disgustoso criminale, Bruce viene "sputato" e, creduto morto, gettato in una sorta di discarica di rifiuti industriali ritrovandosi in compagnia di Lucius Fox. Nel cercare disperatamente una via d'uscita, i due trovano il prototipo di un armatura che Bruce insiste di indossare riuscendo in questo modo a portare in salvo entrambi. Nel frattempo Clayface, dopo aver rapinato una banca nei panni di Bruce Wayne, si allontana a bordo di una motocicletta inseguito dalla polizia. Giunto alla Wayne Tower il criminale si trova di fronte a Batman che cerca di fermarlo con l'acido fluoridrico senza troppo successo. Mentre il commissario Gordon e gli agenti della polizia irrompono sulla scena, il mostro di fango rompe l'elmo protettivo dell'armatura del nostro eroe ed entrato in contatto con la sua pelle scopre la sua identità rivelandola al pubblico. Nel momento in cui Clayface, sempre con le sembianze di Bruce Wayne, sta per allontanarsi, Batman ordina a Lucius di azionare un campo di forza che circonda Basil Karlo catturandolo. Poi, per preservare la sua identità segreta, Batman afferma di aver indossato una sottile maschera contenete il DNA di Bruce Wayne per "ingannarlo". Prima di essere portato via dagli agenti, Clayface schernisce Bruce e assumendo le sembianze di Damian Wayne gli dice che non è neanche in grado di prendersi cura di suo figlio. Tornato alla Bat-Caverna Bruce osserva una vecchia registrazione di Damian condividendo il suo dolore con Alfred.

Sei anni prima di diventare il Batman che conosciamo, un giovane e ancora inesperto Bruce Wayne tornato da poco a Gotham si ritrova a combattere contro il Cappuccio Rosso e la sua banda riuscendo a portare in salvo alcuni ostaggi. Ritenuto morto dalla popolazione di Gotham, Bruce condivide con Alfred Pennyworth la sua crociata contro il crimine nonostante il fedele maggiordomo sia spesso in disaccordo con la sua missione. Suo zio, Philip Kane, il fratello di sua madre, si presenta a Villa Wayne dopo aver scoperto, seguendo i movimenti di Alfred, che il nipote è tornato in città dopo una lunga assenza. Philip vorrebbe che Bruce entrasse nell'azienda di famiglia, la Wayne Enterprises che si è fusa da poco con la Kane Chemicals, ma il nostro protagonista rifiuta la proposta dello zio rimanendo colpito dal penny gigante che si trova all'ingresso degli uffici amministrativi dell'azienda. Tornato a casa Bruce ha un ricordo di suo padre mentre aggiustava una macchina d'epoca e di una sfera che gli mostrò, un dispositivo speciale creato da Lucius Fox, che utilizzava una telecamera a 360 gradi per fornire i primi soccorsi in situazioni di emergenza. Nel frattempo Philip Kane discute con il suo stratega sulla situazione dell'azienda, si lamenta di come i Kane per la loro storia siano odiati dalla gente di Gotham, affermando che Cappuccio Rosso e i suoi uomini stanno provocando danni alla Wayne Enterprises. Lo stratega, che si rivela essere Edward Nygma, gli risponde che la soluzione è uccidere Bruce Wayne.

Bruce Wayne, rientrato a Gotham dopo un periodo di lontananza, è un giovane e inesperto vigilante che ha intrapreso una crociata personale contro Cappuccio Rosso e la sua banda di criminali. Riuscito a prendere il posto di Oswald Cobblepot - camuffandosi come il goffo criminale - il nostro protagonista, all'interno di un dirigibile, prova a sventare il contrabbando di alcune armi tecnologiche - realizzate dalla Wayne Enterprises - che stavano per finire nelle mani di Cappuccio Rosso e la sua banda. Nonostante sia riuscito a interferire con la loro attività, Bruce si rende conto di non riuscire a contrastarli in modo efficace. Preoccupato per la loro avanzata, Bruce si confida con Alfred Pennyworth il quale disapprova la missione che ha intrapreso ed è convinto che il modo con cui sta affrontando questa assurda guerra - nascondendosi come un fantasma e lasciando che l'azienda di famiglia venga gestito dall'ambiguo Philip Kane - disonori la famiglia Wayne. I due finiscono per avere un accesa discussione e si separano in malo modo. In seguito Bruce decide di contattare Philip Kane per discutere con lui di quello che sta accadendo all'azienda ma lo zio, dopo avergli dato appuntamento al museo di Gotham a mezzanotte, gli tende una trappola organizzando una conferenza stampa a sorpresa per annunciare il ritorno del nipote. Irritato Bruce lascia la sala incontrando in un corridoio Edward Nygma che si presenta come il consigliere di suo zio. Nygma gli indica con uno dei suoi indovinelli l'uscita più vicina lasciando intendere che suo zio possa essere direttamente coinvolto nel rifornimento a Cappuccio Rosso delle armi della Wayne Enterprises. Rientrato nel suo appartamento, Bruce trova una serie di stendardi che lo accolgono a casa venendo colpito da una devastante esplosione provocata dagli scagnozzi di Cappuccio Rosso.

Stordito dall'esplosione che ha devastato il suo appartamento, la mente di Bruce Wayne va al giorno in cui da piccolo cadde nella caverna di pipistrelli. Ripreso coscienza il nostro protagonista si ritrova di fronte a Cappuccio Rosso il quale prima gli rivela che l'uccisione di Thomas e Martha Wayne ha cambiato anche la sua vita - ispirandolo e facendogli comprendere la potenza dirompente della casualità - e poi insieme alla sua banda lo pesta a sangue lasciandolo riverso sul pavimento tra le fiamme che divorano l'appartamento. Nel frattempo Philip Kane si confronta con Edward Nygma il quale ammette di aver assoldato la gang di Cappuccio Rosso per sbarazzarsi di Bruce Wayne temendo che il nipote potesse diventare un problema nel momento in cui avesse deciso di prendere in mano la Wayne Enterprises. Philip Kane non sembra d'accordo con l'iniziativa del suo consigliere e lo licenzia sostenendo che nonostante le sue capacità rimane un nessuno. Rivolgendogli contro la stessa arma, Nygma lo paralizza e poi sogghignando si allontana. Intanto Bruce, sopravvissuto al pestaggio, è riuscito a trascinarsi fuori dal suo appartamento e a raggiungere Villa Wayne dove viene curato da Alfred. Quella notte, utilizzando la telecamera sperimentale che gli regalò il padre, ha una sorte di visione onirica e nella sala di Villa Wayne vede dei pipistrelli entrare dalla finestra. Bruce interpreta questo avvenimento come un segnale del padre e decide di diventare un pipistrello.

L'Enigmista ha radunato una folla per protestare fuori la Wayne Tower in modo tale da distogliere la sicurezza e utilizzare un badge falso per entrare all'interno del palazzo e al tempo stesso corrompere il sistema. George Lesley, capo della sicurezza, si rende subito conto che qualcosa non va e osservando i video delle telecamere individua la presenza di Nygma. In breve tempo il criminale esce allo scoperto e prende il controllo dei sistema di comunicazione della Wayne Tower. Salito negli uffici amministrativi, l'Enigmista prende di mira uno dei manager prima di essere raggiunto da Lesley. Il capo della sicurezza prima di questo impiego lavorava come guardia ad Arkham nel periodo in cui Nygma era detenuto in una delle celle del manicomio criminale. L'Enigmista si trova alla Wayne Tower per vendicarsi proprio di lui e senza scrupoli gli lancia addosso un ordigno esplosivo facendogli saltare il braccio con cui impagnava la pistola. Preso il controllo dell'edificio, Nygma tira fuori un mazzo di carte dalla tasca e sedendosi inizia a fare una partita al solitario, aspettando l'arrivo di Batman.

Bruce Wayne è diventato Batman, l'oscuro vigilante di Gotham, deciso a continuare in maniera più determinata e incisiva la sua lotta contro la gang del Cappuccio Rosso. All'interno di una ancora rudimentale bat-caverna, il crociato incappucciato, coadiuvato dal fedele Alfred, cerca di trovare lo schema dietro i numerosi furti di sostanze chimiche compiute dal gruppo terroristico. Dopo essersi incontrato con suo zio Philip - anche lui finito nel giro del Cappuccio Rosso - Bruce Wayne esce allo scoperto e compreso le intenzione dei terroristi incappucciati decide di indire una conferenza stampa durante la quale prima racconta di essere tornato a Gotham perché intende sfidare le insidie e le prove che questa città ti mette di fronte, e poi rivela che la banda di Cappuccio Rosso sta progettando un veleno estremamente pericolo alle Industrie ACE. Sul luogo si precipita Jim Gordon proprio nel momento in cui gli uomini di Cappuccio Rosso lanciano dei razzi contro la troupe televisiva. Approfittando della confusione il nostro eroe penetra nello stabilimento rendendosi conto che la situazione è ancora più pericolosa di quanto poteva immaginare. A conferma dei suoi timori arriva Cappuccio Rosso, il numero uno, il quale gli punta la pistola rivelandogli che domani, proprio nel giorno dell'anniversario della morte dei suoi genitori, avvelenerà la città. Improvvisamente l'intero isolato piomba nel buio causato da un blackout programmato dal nostro protagonista il quale ha il tempo di indossare il costume di Batman e simulare la fuga di Bruce Wayne. Tornata la luce, gli uomini di Cappuccio Rosso affrontano Batman mentre il loro leader prova a sparargli contro con una pistola di grande calibro. Un proiettile vagante colpisce il casco del numero uno il quale senza troppi problemi uccide l'uomo incappucciato che lo ha colpito che si rivela essere Phil Kane, lo zio di Bruce. Mentre lo stabilimento va in fiamme, Alfred - grazie alle informazioni del Crociato Incappucciato - riesce a impedire che il carico di veleno esca dallo stabilimento chiudendo da remoto l'ingresso. Il tenente Jim Gordon, che nel frattempo era entrato nella ACE Chemicals, ordina ai suoi uomini di evacuare lo stabilimento. Sul tetto Cappuccio Rosso tenta di fuggire a bordo di un elicottero ma Batman con determinazione arpiona la caviglia del suo nemico e lo tira giù facendolo precipitare. Il peso fa crollare il tetto dell'impianto chimico ed entrambi finiscono su una passerella sotto la quale si trova un serbatoio pieno di una sostanza velenosa. Batman e Cappuccio Rosso combattono fino a quando il ponteggio in cui si trovano si rompe. Il nostro eroe si rende conto che la passerella non manterrà a lungo il loro peso e dice al criminale di afferrare la sua mano e porre fine a questa follia. Sorridendo, Cappuccio Rosso afferma che questo è solo l'inizio e poi si lascia cadere precipitando nella vasca bollente piena di sostanza chimiche.
Qualche giorno più tardi, la polizia trova il cadavere di un uomo chiamato Liam Distal che molti sostengono essere il Cappuccio Rosso numero Uno. L'uomo sarebbe morto da tempo quindi qualcuno avrebbe preso il posto come leader della banda di Cappuccio Rosso. Bruce però ignora quando ci sia stato lo scambio quindi non sa se l'uomo affrontato alla ACE Chemicals è lo stesso affrontato in passato. Intanto Edward Nygma si presenta in televisione e con il nome dell'Enigmista è pronto a sfidare Gotham.

Gotham City è piombata nel caos. L'Enigmista ha causato un black-out in tutta la città scatenando il panico tra i cittadini. A complicare la situazione è in arrivo una tempesta devastante che potrebbe aggravare una situazione già tesa. La polizia di Gotham guidata dal commissario Loeb sta tentando di catturare Batman - considerato un vigilante mascherato - ma il nostro protagonista grazie alla sua macchina tecnologica riesce a evitare un posto di blocco ed eludere gli agenti. Nel frattempo il tenente Jim Gordon si trova sulla scena di un inquietante crimine visitato da Batman poco prima del suo arrivo. La vittima, il dottor Paji, insieme al dottor Kelver è il secondo scienziato della Wayne Enterprises ad essere stato ritrovato orribilmente deformato a causa di una sostanza capace di deformare le ossa fino a farle scoppiare. Un testimone, l'assistente Pamela Isley, afferma di avere visto poco prima del delitto qualcuno dall'aspetto scheletrico entrare nell'edificio. Nel frattempo, nella bat-caverna, Bruce ha isolato la sostanza che ha ucciso i due scienziati scoprendo che l'ideatore di questa letale formula è uno scienziato chiamato Karl Helfer, soprannominato il Dottor Morte a causa dei raccapriccianti esperimenti che conduceva, che in un recente passato ha lavorato per Wayne Enterprises. Uscito dalla grotta insieme ad Alfred, Bruce si trova faccia a faccia con Jim Gordon venuto a chiedere informazioni sul suo ritorno. Il nostro protagonista si dimostra freddo e distaccato nei confronti del tenente attivando un congegno che fa uscire uno sciame di pipistrelli dal pozzo da dove è uscito nel momento in cui Gordon cerca di curiosare all'interno. In serata Bruce si reca al dipartimento di ingegneria dell'università di Gotham dove incontra Lucius Fox - scienziato molto stimato da suo padre - per chiedergli informazioni su Helfer. Lucius gli racconta che Karl Helfer stava lavorando insieme a Paji e Kelver a una formula capace di rendere reattive le cellule delle ossa in modo da rigenerarsi o indurirsi a seguito di un impatto improvviso. Tuttavia la formula si rivelò estremamente instabile e Helfer venne licenziato dalla Wayne Enterprises. Improvvisamente Bruce si ritrova una siringa conficcata sul collo e dietro alle spalle di Lucius Fox appare il macabro e inquietante Dottor Morte.

Stordito dal siero che gli è stato iniettato, Bruce Wayne si riprende in tempo per impedire che Lucius Fox venga ucciso da Karl Helfern attivando un motore a reazione che risucchia il Dottor Morte al suo interno. Mentre Bruce afferra Lucius e cerca di uscire dal laboratorio in fiamme, lo scienziato gli spiega che la siringa che gli ha iniettato conteneva in realtà un vaccino al siero del Dottor Morte, il siero che deforma le ossa e che ha trasformato lo stesso Helfern in una mostruosa creatura. Il Dottor Morte però é riuscito a sopravvivere alla turbina e raggiunto Bruce e Lucius afferra la testa del nostro eroe iniziando a stritolarla. Un improvviso colpo di pistola sparato da Jim Gordon fa mollare la presa al Dottor Morte che rabbioso é costretto alla fuga. Ripreso conoscenza, Bruce si ritrova steso in un letto affianco ad Alfred che cerca di tranquillizzarlo dicendogli che ha riportato una brutta frattura cranica. Noncurante della sua situazione, Bruce vorrebbe tornare subito in azione ma una catena gli impedisce di alzarsi dal letto. A peggiorare la situazione appare Jim Gordon che gli chiede di condividere con lui le informazioni che ha sul Dottor Morte. Bruce non ne vuole sapere e dopo avergli raccontato un fatto che lo riguarda avvenuto in passato, prima lo insulta dicendogli che è solo un poliziotto corrotto come tutti gli altri, poi gli prende la pistola dalla fondina e puntandola al volto lo avverte che non si fiderà mai di lui. Mentre osserva Bruce andarsene, Gordon riceve un messaggio dal suo ufficiale che lo informa che l'Enigmista ha colpito ancora. In serata Batman cerca di contattare altri due scienziati che lavoravano con Helfern e che potrebbero diventare suoi bersagli ma giunto alla stazione meteorologica dove lavorano scopre di essere arrivato troppo tardi trovando i due scienziati già infettati dal siero del Dottor Morte. Pochi istanti più tardi appare il commissario Loeb con i suoi uomini che lo accusano degli omicidi e aprendo il fuoco feriscono Batman.

Batman è stato circondato della polizia che lo accusa dei crimini compiuti dal Dottor Morte. Costretto alla fuga per evitare di essere colpito dai proiettili sparati dagli agenti agli ordini del commissario Loeb, il nostro eroe si getta nel fiume dove viene raccolto dal tenente Gordon che si offre di aiutarlo. Nonostante sia diffidente, Batman sale sul motoscafo. Gordon gli rivela che è stato l'Enigmista a indirizzare la polizia da lui, poi gli racconta una storia del suo passato legata alla corruzione del dipartimento di polizia, aggiungendo di credere in lui e di essere convinto che possa rivelarsi fondamentale per contrastare la dilagante criminalità di questa città. Tornato alla bat-caverna, Bruce ha una discussione con Alfred il quale vorrebbe che si fidasse di coloro che si offrono di aiutarlo sostenendo che la sua crociata è alimentata dalla rabbia e dal rancore che nutre nei confronti degli abitanti di questa città colpevoli di avergli portato via i suoi genitori. Bruce lo interrompe dicendogli di aver scoperto il laboratorio del Dottor Morte. Poco dopo Batman entra nelle catacombe di Gotham sperando di trovare il Dottor Morte. Improvvisamente sullo schermo appare l'Enigmista e Batman scopre che Helfern ha agito per conto dell'enigmatico criminale il quale dichiara di voler uccidere metà della popolazione di Gotham. Una improvvisa esplosione innonda la catacombe e Batman viene travolto dall'acqua del fiume.

In una Gotham di un futuro non lontano, Harper Row viola il coprifuoco e presentandosi in un posto di blocco dice alle guardie una particolare frase, una parola d'ordine. Senza dire una parola le guardie la portano dentro un furgone blindato per essere poi condotta in un esclusivo club, l'Egyptian, l'unico nightclub rimasto a Gotham. Harper vorrebbe l'aiuto del proprietario del locale per salvare la vita di suo fratello colpito dall'infezione che sta piegando gli abitanti di Gotham ma gli uomini della sicurezza la portano in una stanza per interrogarla. Sorridendo, la ragazza preme un interruttore di un piccolo dispositivo facendo piombare la stanza nell'oscurità. Quando torna la luce gli uomini giacciono a terra sotto i piedi di Batman. Indossato il costume di Bluebird, Harper si unisce a Batman e insieme irrompono nel casinò trovandosi di fronte il proprietario del locale, Selina Kyle. La donna ha abbandonato l'identità di Catwoman e ora ha preso il controllo della malavita. Dopo una serie di scaramucce Selina conduce i nostri protagonisti in una stanza blindata all'interno della quale si trova Stephanie Brown nell'identità di Spoiler.

La tempesta René si sta per abbattere su una Gotham City completamente al buio. Mentre le forze dell'ordine stanno evacuando i quartieri più a rischio, Batman, emerso dalle catacombe innondate, contatta Jim Gordon chiedendogli di recarsi alla Wayne Tower, lì dove ha dedotto si trova l'Enigmista. Batman ha scoperto che Nygma ha rubato dei dispositivi dai ricercatori che ha fatto uccidere da Helfern che collegati gli permetterebbero di prendere il controllo di Gotham. Per evitare che si concretizzi il suo piano Batman chiede a Gordon che la polizia non riattivi l'energia. Il commissario Loeb e i suoi colleghi però non sembrano ascoltarlo. Mentre Gordon si reca alla Wayne Tower, Batman, a bordo di un grande dirigibile, sfida la tempesta per raggiungere la stazione meteorologica e poter piazzare un dispositivo che vada a interferire con il congegno ideato dall'Enigmista. Ad aspettarlo trova il Dottor Morte che affronta Batman facendogli cadere il prezioso dispositivo. Infuriato Batman gli si scaglia contro provocandogli una serie di deformazioni. Nonostante tutte le ferite Helfern gli rivela di aver perso suo figlio quando quest'ultimo, insieme a una squadra di soldati, finì in un imboscata nel deserto mentre si trovava in missione alla ricerca di Bruce Wayne. Il Dottor Morte aggiunge che il suo siero rende più forti coloro che sono stati feriti e l'unico che ha creduto nelle sue ricerche è stato Edward Nygma. Stanco e provato dalla battaglia, Batman attiva una esplosione che deturpa ancora di più il corpo di Helfern che viene soffocato dalle sue stesse ossa. Nel frattempo, nonostante le raccomandazioni di Gordon, la polizia attiva la rete elettrica. Pochi istanti più tardi una serie di esplosioni fanno cedere le dighe e Gotham viene innondata. Contemporaneamente l'Enigmista prende il controllo di tutti i dispositivi elettrici della città facendo esplodere i dirigibili con all'interno Loeb e tutti gli agenti della polizia. Batman si rende conto di aver fallito.

Risvegliatosi da un lungo stato di coma durante il quale è stato accudito da un ragazzo e la sua famiglia, Bruce Wayne si ritrova davanti a una città post-apocalittica, parzialmente distrutta e invasa dalla vegetazione. Gotham è caduta nelle mani dell'Enigmista il quale, grazie all'utilizzo di un sofisticato sistema di bombe, dopo aver sconfitto Batman e la polizia nello scorso episodio, ha fatto regredire la città prendendo il controllo di tutti i dispositivi elettrici e tecnologici. Il folle criminale ora controlla tutta la città, tagliata fuori dal mondo e ridotta in macerie, imponendo il suo regime. Nell'anno Zero dall'Enigmista, il criminale, tutti i giorni a calar del sole, compare sul maxi-schermo al centro della città e lancia una sfida alla popolazione: se qualcuno riuscirà a sorprenderlo dimostrandosi più intelligente di lui, ponendogli un indovinello al quale non sappia rispondere, restituirà Gotham ai suoi abitanti. Chi si propone e fallisce, muore. Nelle sue farneticazioni Edward Nygma intende rendere più intelligenti i cittadini di Gotham in modo che possano risolvere i problemi del mondo. Jim Gordon, uno dei pochi che cerca di opporsi a questa situazione, è riuscito a eludere le telecamere di sorveglianza collocate in ogni angolo della città permettendo a una task force di entrare a Gotham. Tuttavia i "soccorritori" sono venuti in realtà a trattare con l'Enigmista pronti a consegnargli cinquanta milioni di dollari in cambio della restituzione della città. Nygma però non accetta nessun accordo e individuato Gordon e gli agenti speciali attiva un palla demolitrice contro un edificio a qualche isolato di distanza che come il gioco del domino fa crollare un palazzo dopo l'altro indirizzandoli verso di loro. Per "movimentare" il gioco alcuni robot li circondano impedendo loro di fuggire. Improvvisamente una voce fuori campo gli dice di puntare agli occhi dei droni permettendo a Gordon e agli uomini di distruggere i robot e di salvarsi. Batman è tornato in azione.

Batman ha trovato in Jim Gordon e Lucius Fox gli alleati per sovvertire l'Anno Zero imposto dall'Enigmista. Il loro obiettivo è scoprire il luogo dove si nasconde il criminale che ha messo in ginocchio Gotham utilizzando un dispositivo che rintracci l'origine dell'energia del sifone che l'Enigmista usa per controllare la rete. Tuttavia per attuare il loro piano c'è bisogno che il dispositivo sia collegato alla rete e che il segnale sia attivo per almeno una decina di minuti. Batman si propone di sfidare l'Enigmista per prendere il tempo necessario affinché Gordon colleghi il dispositivo e Fox rintracci il segnale. Al calar del sole, l'Enigmista, come consuetudine, appare sul grande schermo al centro della città. A bordo di una motocicletta si presenta Batman che di fronte alla popolazione stremata sfida pubblicamente Edward Nygma. Mentre Jim Gordon colloca il dispositivo e Lucius Fox gli comunica via radio che ci vorranno almeno diciannove minuti prima che possa rintracciare il segnale, Batman gli propone un indovinello raccontandogli la storia di un ragazzo frustrato che nonostante la sua intelligenza non veniva mai notato e apprezzato, un ragazzo che diventato uomo si è sempre preoccupato solo di attirare l'attenzione su di sé. Nygma ovviamente si rende conto che Batman si sta riferendo a lui ma non volendo ammettere questa soluzione gli dice che tutto questo è solo una perdita di tempo aprendo la botola che fa precipitare Batman in una fossa piena di leoni. Tra le rovine di un garage il Crociato Incappucciato utilizza la forza fisica unita alla sua destrezza per mettere fuori gioco i leoni ottenendo il tempo necessario affinché Fox manometti il sistema informatico di Nygma. Prima di venire schiacciato da una dozzina di macchine che l'Enigmista gli ha fatto precipitare addosso Batman viene portato in salvo da Jim Gordon che aprendo una porta lo conduce al sicuro.

Batman si fa strada alla Wayne Tower, lì dove suppone trovarsi l'Enigmista, mentre Jim Gordon e la squadra di Marines si infiltrano nei tunnel sottostanti. Poco distante, all'interno di un furgone, Lucius Fox coordina le operazioni. Quando uno dei soldati rivela che il loro compito è quello di localizzare l'Enigmista in modo da lanciargli addosso dei razzi da una vicina base aerea, Batman si rende conto di essere finito in una trappola è che l'Enigmista si trova da tutt'altra parte. Batman chiede a Lucius di interrompere il segnale ma ogni comunicazione viene impedita da Nygma che, apparso su un monitor di uno dei suoi droni, schernisce il nostro eroe rivelando di avere usato il loro stesso piano contro di loro è che nel giro di quaranta minuti i razzi colpiranno le gallerie - che lui ha riempito di esplosivo - andando a radere al suolo Gotham. Sapendo di avere poco tempo, il nostro eroe, dopo aver registrato un messaggio ad Alfred sul significato di essere il Cavaliere Oscuro, ha una felice intuizione raggiungendo il museo nazionale ai piedi della riproduzione di una sfinge trova Edward Nygma che prima lo applaude per averlo trovato e poi con un sorrisetto gli risponde che il gioco è appena iniziato.

Batman si prepara a sfidare l'Enigmista e liberare la città di Gotham dalla sua tirannia. Intrappolato all'interno di un percorso che ricorda un bizzarro "gioco di società", Batman si trova costretto a risolvere una serie di enigmi per conquistare la libertà e la salvezza della città. È una corsa contro il tempo dal momento che una squadra di aerei militari sta arrivando in città preparandosi a colpire la Wayne Tower - luogo dove si nasconderebbe secondo loro l'Enigmista - i cui sotterranei sono stati riempiti di esplosivo. La rete e ogni comunicazione è stata interrotta e James Gordon e Lucius Fox non possono fare nulla per comunicare con il Crociato Incappucciato. Stando al suo gioco Batman risponde a ogni indovinello che l'Enigmista gli pone fino a quando non da una risposta sbagliata e si libera dalla sua prigionia. Il nostro protagonista si è reso conto che i droni hanno smesso di prenderlo di mira arrivando alla conclusione che Lucius Fox sia riuscito a trovare un altro modo per bloccare il segnale. L'Enigmista viene messo a tappeto da un pugno sferrato da Batman mentre Jim Gordon riesce a catturare l'attenzione dei piloti dei caccia che alla fine abbandonano la loro missione. Gotham si riaccende e lentamente torna alla sua normalità. Un mese più tardi Bruce Wayne tiene una conferenza stampa durante la quale rivela di voler guidare la Wayne Industries con l'aiuto dell'amico Lucius Fox. Terminata la conferenza Bruce saluta Jim Gordon diventato il nuovo commissario di polizia di Gotham. Alfred lo interrompe per avvertirlo che una ragazza di nome Julie Madison ha chiesto di vederlo ma il nostro eroe gli dice di essere impegnato preferendo tornare a indossare il costume di Batman.

Al manicomio di Arkham, Mr. Freeze ha una seduta con uno psicologo al quale gli racconta di quando la madre cadde in un lago ghiacciato. Freeze cambia poi argomento lamentandosi di come i gufi lo abbiano ingannato rubandogli la formula per riportare i loro soldati in vita. Improvvisamente il detenuto aggredisce lo psicologo, gli rompe l'orso del collo, e poi utilizza una penna per ricablare l'impianto di raffreddamento della sua cella portandola a 70° sotto zero. Diramato l'allarme, le guardie tentano di fermarlo ma Mr Freeze le congela, recupera la sua tuta protettiva e infine riesce a fuggire. Mr. Freeze è ossessionato nel voler riportare in vita Nora, la donna di cui è innamorato. Alcuni anni prima Victor Fries lavorava come scienziato nel laboratorio di crionica della Wayne industries. Bruce Wayne si accorse che lo scienziato intendeva riportare in vita Nora Fields, una giovane donna che a causa di un male incurabile fu sottoposta alla Stasi Criogenica parecchi anni prima. Quando Bruce Wayne gli ordinò di smetterla di portare avanti i suoi esperimenti privati, Fries reagì in maniera violenta provocando involontariamente un incidente nel quale finì per essere colpito da delle sostanze chimiche che gli cambiarono per sempre la sua struttura fisica portandolo ad avere una temperatura corporea di meno cinque gradi centigradi e acquisendo la capacità di attirare e conservare il freddo.
Ora Mr. Freeze è tornato nel suo vecchio laboratorio per recuperare la donna che ama. Nightwing e Robin gli intimano di arrendersi ma il criminale non intende fermarsi. La voce di Bruce Wayne proveniente dagli altoparlanti lo invita da lui se vuole riavere Nora. Mr. Freeze si disinteressa dei suoi avversari e raggiunge l'attico trovando ad aspettarlo Batman che cerca in tutti i modi di fermarlo. Batman gli dice che lui non ha mai conosciuto Nora e che la sua ossessione per il gelo lo ha illuso sul ruolo di quella donna nella sua vita. Sfruttando un momento di indecisione di Victor, Batman gli infila nella tuta il composto che voleva utilizzare sulla donna il quale facendogli salire la temperatura corporea gli rende difficile qualsiasi movimento. Mr. Freeze viene portato nella sua cella ricordandosi che il giorno in cui sua madre ebbe l'incidente fu lui che la lasciò cadere e affogare in un lago ghiacciato.

Batman ha accettato di testare la sicurezza di una nuova ala del manicomio criminale di Arkham nel giorno in cui Eric Border, un nuovo inserviente, inizia a prestare servizio. Mentre il Cavaliere Oscuro utilizza tutte le capacità per simulare una fuga, Border viene accompagnato da una collega a fare un giro nella struttura e a conoscere tutti i psicopatici criminali che sono rinchiusi al suo interno. Eric, che è un idealista ed è convinto che anche il peggiore assassino possa essere curato, rimane colpito da una donna molto anziana, la più vecchia paziente dell’istituto che negli anni è stata dimenticata da tutti. L’anziana donna, conosciuta come Anacoreta, riesce ad attirare l’attenzione del giovane inserviente al quale racconta la sua storia. Acquisito i poteri di controllare la materia e la mente in un incidente involontario che ha causato la morte dei suoi genitori, la donna decide di espiare la sua colpa facendosi rinchiudere volontariamente nell’ospedale psichiatrico. Per anni ha considerato l’ospedale quasi come una casa in cui era in cura, ma con l’arrivo di Batman e dei suoi folli avversari, quello che era un ospedale è diventato una prigione, un inferno in cui venivano rinchiusi pazzi e violenti. Anacoreta ritiene Batman responsabile di questo cambiamento, la sua esistenza ha contribuito a far nascere i freaks che hanno invaso Gotham, per questo, venuto a sapere della sua presenza, evade dalla sua cella per vendicarsi. L’anziana donna vorrebbe liberare i pazzi di Arkham ma Batman arriva e cerca di fermarla. Anacoreta entra in contatto con la mente di Batman e per colpirlo gli ricorda la morte dei genitori, del fratello e infine del figlio. Batman per si ribella al controllo psichico della donna e la riconsegna ad Arkham. Eric Border è convinto che ci sia ancora possibilità di cura per la prima paziente del manicomio.