Mifune sconfigge Black Star e Sid distrugge la struttura di ricerca. Mentre Mifune si ritira, dà a Black Star e Tsubaki consigli su come controllare il potere della spada. Medusa, che è sopravvissuta alla sua battaglia con Stein nascondendosi nel corpo di un serpente, assume il corpo di una ragazza di Death City da utilizzare come ospite e fa infiltrare i suoi servi nell'Arachnofobia, progettando di rovesciare l'organizzazione di sua sorella Arachne. Kid viene inviato per trovare uno strumento demone su un treno che non ha mai smesso di funzionare per 100 anni. Trova il treno, con un agente di Aracnofobia e una sorella di Mizune che si unisce alla caccia per lo strumento. Kid riesce a trovare lo strumento e trova la firma di suo padre accanto a quella di Eibon, il creatore dello strumento.