Tuttavia, il tempo si inverte misteriosamente, con il risultato che Yugi e i suoi amici non arrivano, impedendo al Faraone di evocare Ra, causandone la sconfitta e la scomparsa, mentre Bakura ottiene il Pendente del Millennio. Mentre sono alla ricerca di criminali con una forte Ka, Seto e Shada fermano una folla inferocita dal loro assalto a una donna innocente. Shada avverte la sua potente Ka (il Drago Bianco Occhi Blu) e Seto la riporta con sé a palazzo. Successivamente viene mostrato in un flashback che Seto e Kisara - la ragazza che ha salvato - si erano già incontrati da bambini. Nel frattempo, Aknadin sta riposando e ha un flashback di quello che è successo quindici anni fa: Aknadin ha creato gli oggetti del millennio a costo di sacrificare il villaggio di Kul Elna. Viene anche rivelato che Aknadin è il fratello minore di Aknamkanon, il precedente Faraone, rivelando così che il Faraone e il Seto sono cugini. Ormai corrotto da Zorc, il desiderio più forte di Aknadin è vedere Seto salire sul trono come nuovo Faraone d'Egitto. Quando viene a sapere della Ka di Kisara, è desideroso di farlo estrarre da Seto (e usarlo per usurpare il Faraone), ma Seto - per i suoi forti sentimenti per la ragazza - rifiuta. Aknadin dice poi ai due criminali che stanno combattendo per combattere invece con Seto e Kisara, ma il ka del drago uccide entrambi i criminali. Alla fine, Yugi e i suoi amici si incontrano con Bobasa, che promette di aiutarli. I sommi sacerdoti e il gruppo di Yugi cercano il faraone. Nel frattempo, Yami è in una grotta, incontrando Hasan, che se ne va. Alla fine, Atem si ricongiunge con i suoi amici, ma lui, Mana, il suo amico d'infanzia e gli alti sacerdoti partono per Kul Elna per sconfiggere Bakura una volta per tutte.