Un giorno, Kaiba incontra Ishizu Ishtar, detentrice della collana del millennio, al museo e apprende che il gioco di Duel Monsters era basato su un gioco delle ombre giocato molto tempo prima da una dinastia egiziana governata da un Faraone senza nome che somigliava a Yugi, e che un'organizzazione di ladri ha derubato Ishizu di due delle tre carte divine che sono state create da Pegasus per essere i mostri più forti del gioco, basati sugli dei raffigurati sulla tavoletta di pietra. Ishizu dà a Kaiba il "Dio dell'obelisco" e lo manipola per aprire il torneo di Battle City per attirarli. Allo stesso tempo, l'altro Yugi apprende finalmente delle sue vere origini, che è lo spirito di un antico faraone egiziano intrappolato nel Millennium Puzzle per migliaia di anni, e che la chiave per riconquistare la sua memoria perduta è combattere nel torneo. Tuttavia, il proprietario della barra del millennio, che è il capo dei Ghoul, vuole vendicarsi del re senza nome e progetta di ucciderlo.