Kafka Hibino, che ora lavora per un'impresa specializzata nello smaltimento delle carcasse dei kaiju, un tempo aspirava a diventare un membro delle Forze di Difesa. Un giorno, però, un misterioso organismo si introduce nel corpo di Kafka, trasformandolo in quello che le Forze di Difesa battezzeranno col nome in codice di "Kaiju No.8".