Carrot viene nominata nuova sovrana del ducato di Mokomo, poiché Cane-tempesta e Gatto-vipera decidono di restare come vassalli di Momonosuke, mentre Yamato decide di restare a Wa per proteggerla da possibili invasioni. La ciurma salpa dal paese dei samurai insieme ai pirati Heart e i pirati di Kidd e dopo aver scoperto le loro nuove taglie Rufy rivela ai compagni il suo sogno segreto. Intanto, Crocodile e Drakul Mihawk decidono di sfruttare Bagy spacciandolo come capo fantoccio della loro organizzazione di cacciatori di taglie, la Cross Guild. Amazon Lily viene attaccata dalla Marina, che schiera dei nuovi modelli di Pacifista chiamati Seraphim, ovvero dei cloni dei membri originali della Flotta dei Sette con caratteristiche simili ai Lunaria: l'invasione, in cui interviene anche Barbanera per rubare il frutto di Boa Hancock, viene interrotta da Rayleigh e Shakky, ma la ciurma dell'imperatore riesce a rapire Kobi. Sabo nel mentre tenta di riferire all'Armata rivoluzionaria che qualcuno è seduto sul Trono Vuoto, ma la sua posizione, l'isola di Lulusia, viene distrutta da una misteriosa arma di Im. La ciurma incontra in una tempesta di neve una bambina, che si scopre essere la supernova Jewelry Bonney, e viene attaccata da un gigantesco squalo meccanizzato. La nave viene salvata da una ragazza che afferma di essere il dottor Vegapunk e che spiega che si trovano ad Egghead, la sede della divisione scientifica del Governo. Nel frattempo Rufy, Jinbe, Chopper e Bonney sbarcano sull'isola futuristica, dove incontrano una ragazzina gigante che sostiene a sua volta di essere il dottor Vegapunk. Bonney spiega la sua intenzione di trovare il vero Vegapunk per chiedergli le motivazioni che lo hanno spinto a trasformare suo padre, ossia Orso Bartholomew, in un'arma priva di umanità. Nel mentre Lucci, Kaku e Stussy, incaricati dal governo di uccidere lo scienziato, discutono su come questi abbia diviso la sua personalità in sei cloni: Shaka, Lilith, Edison, Pythagoras, Atlas e York. Mentre Zoro e Brook restano a guardia della nave, il resto dell'equipaggio entra nel laboratorio di Vegapunk, ma vengono attaccati a tradimento dal Seraphim di Jinbe: lo scontro viene fermato da Shaka, che spiega ai pirati che la tecnologia di Egghead si basa su quella dell'antico regno. Nel frattempo Barbanera e i suoi ufficiali attaccano i pirati Heart tentando di rubare le loro copie dei Road Poignee Griffe.