Scoperto il vero assassino, Eisuke dice a Conan di avere intenzione di diventare un agente della CIA, e per questo si sta per trasferire negli Stati Uniti. Prima di farlo, però, vorrebbe dichiararsi a Ran, ma chiedendo prima il permesso a Shinichi. Conan gli dice che non può e così Eisuke gli rivela di aver capito che lui è Shinichi. Prima di andarsene, Eisuke avverte Conan che sembra che sia morto qualcuno nell'FBI, ma Conan non sembra minimamente preoccupato. Nel caso successivo Conan viene a sapere da Jodie ciò che Rena Mizunashi le ha riferito durante le sue indagini: l'organizzazione nera ha messo un certo Bourbon sulle tracce di Ai; la chiamata finisce con un'esortazione dell'agente a tenere d'occhio la giovane. Poco dopo durante un caso di incendio che vede tre uomini indiziati, Ai riprende misteriosamente il suo fiuto per l'organizzazione e sente vicino a lei la presenza di uno dei membri. La fonte di tale sensazione è molto probabilmente l'indiziato chiamato Subaru Okiya. Quest'ultimo racconta di seguire un dottorato di ingegneria e, dopo aver saputo della presenza del professor Agasa, decide di voler seguire le sue ricerche, chiedendogli ospitalità dopo aver perso la casa nell'incendio. Conan, ignorando la paura di Ai per l'individuo, permette a Okiya di andare ad abitare in casa Kudo, rimasta abbandonata dal momento del suo rimpicciolimento. Quando Ai gli chiede il perché, Conan risponde solo che un fan di Sherlock Holmes come Okiya non può essere cattivo, senza dare altre motivazioni valide.