Quando uno scienziato separatista e la sua pericolosa invenzione spariscono durante le Guerre dei Cloni, Clone Force 99 viene inviato per rintracciarlo e impedire al dispositivo di cadere nelle mani sbagliate. Ma quando Hunter, Wrecker, Crosshair e Tech arrivano al laboratorio abbandonato dello scienziato, si rendono rapidamente conto che non sono gli unici sulle sue tracce, e che questa missione sarà diversa da qualsiasi altra che hanno affrontato prima!