Shin Mazinger ZERO (真 マ ジ ン ガ ー ZERO) è un reboot manga della storia originale di Mazinger Z di Yoshiaki Tabata e Yuki Yugo di Akumetsu. Rispetto all'anime Shin Mazinger Shogeki! Z Hen, ZERO è molto più scuro e racconta una trama separata considerando cosa potrebbe accadere se il Mazinger Z impazzisse. Appaiono anche altri personaggi di Go Nagai, tra cui Honey Kisaragi e la famiglia Abashiri. Il manga è quindi seguito da Shin Mazinger ZERO contro il Grande Generale delle Tenebre: la storia inizia in un mondo in rovina dove l'umanità è stata spazzata via dal Mazinger Z diventato malvagio e Koji è l'unico essere umano rimasto. Un androide (Minerva X) si avvicina e gli offre la possibilità di fermare la carneficina in atto, l'androide distrugge il corpo di Koji per poter rimandare la sua anima nel passato.