Il nuovo sindaco di Gotham City, Pamela Isley, disertata dai suoi alleati sia politici che arcani, sta per fare un ultimo gioco di potere che lascerà Gotham decimato dalla luce del giorno. Avendo già dichiarato guerra alla Bat-Family e inondato le strade con il suo esercito di polizia privato e paramilitarizzato, il commissario di polizia Vandal Savage vede l'opportunità di risolvere due problemi contemporaneamente. Le storie convergono in Batman: Bad Seeds, un evento di Gotham City che abbraccia una lunga e buia notte a Gotham che minaccia di trasformare l'intera città in un mondo ostile di vita vegetale preistorica diverso da qualsiasi cosa sulla Terra per millenni, in un momento in cui i suoi più grandi eroi sono cacciati e nascosti.