Con questo, il Bakura oscuro viene distrutto e Atem vince il Dark RPG, riacquistando tutti i suoi ricordi. Tuttavia, il Creatore dice ad Atem e ai suoi amici che hanno ancora un compito da svolgere. Atem infatti otterrà la libertà della sua anima dal mondo dei vivi solo se perderà, non di proposito, un duello. Seto si offre di combattere, ma Yugi si oppone, sostenendo che l'avversario debba essere lui stesso. Così, Atem e Yugi si scindono, abbandonando il primo il corpo dell'altro, e si affrontano. Yugi combatte usando le carte scelte del deck che compose insieme ad Atem, mentre quest'ultimo ha selezionato, tra le altre dello stesso mazzo, quelle degli incantatori e delle potentissime divinità egizie. Atem evoca le ultime in un colpo solo, mettendo l'avversario alle corde. I due avversari combattono senza esclusione di colpi. Dopo aver perso persino il Mago Nero, Atem cerca di resuscitare Osiris per finire Yugi, ma l'ultima contromossa dell'alter ego annulla l'evocazione, e, con l'attacco successivo, Yugi mette fine al duello. Atem è perciò libero, e lascia il mondo dei vivi fra le lacrime di tutti.