Mai mette in difficoltà Jonouchi: l'aiuto di Yugi, che gli permette di ritrovare fiducia, consente però all'amico di vincere lo scontro con un solo attacco. Dopo aver mangiato del pesce di cui non conoscevano il proprietario, Yugi e i suoi amici conoscono Kajiro Ryouta (terzo classificato al campionato regionale) che sfida il ragazzo. L'arena di gioco, situata sopra l'oceano, favorisce Mako il cui deck è costruito sulle creature marine; Yugi riesce però a prosciugare l'acqua, vincendo poi il duello con un'unica mossa. Mokuba ruba 5 stelle ad altri concorrenti e sfida Yugi; il giovane rivela che i soci di Seto, con l'aiuto di Pegasus, stanno tentando di ottenere la proprietà della Kaiba Corporation. Mokuba vuole eliminare Yugi dal torneo, per evitare che Pegasus lo batta: Jonouchi e gli altri lo convincono però a fidarsi di loro, per restituire le stelle ai duellanti. Il gruppo viene tuttavia fermato da una guardia, che rapisce Mokuba e getta in mare le stelle; Yugi lo sfida a battersi, ma l'uomo fa gareggiare Seto al suo posto. Il misterioso avversario afferma di essere Seto, accusando Yugi di averlo fatto morire. Intanto, il vero Seto - ripresosi dal coma in cui era caduto dopo la sconfitta con Yugi - sfugge alle guardie di Pegasus che volevano rapirlo: infiltratosi in un laboratorio segreto, cerca di monitorare l'andamento del duello. L'impostore si è comunque impossessato del suo deck, potendo disporre dei Draghi Bianchi Occhi Blu: Yugi, al contrario, non può più utilizzare Exodia (grazie al quale aveva vinto il primo duello con Kaiba). Yugi distrugge il primo Drago Bianco Occhi Blu combinando il Mago Nero con delle carte Magia, mentre il secondo è indebolito con un virus che Kaiba immette dal computer: il piano ha successo subito prima che l'impostore attacchi, permettendo a Yugi di salvarsi. Il ragazzo riesce infine a vincere il duello, scoprendo che l'avversario era la metà malvagia di Kaiba (sconfitta nel precedente duello e resuscitata dai poteri di Pegasus): i poteri del puzzle lo rispediscono nel regno delle ombre, mentre Yugi recupera il deck di Seto. Mokuba è intanto sparito, rapito dalle guardie. Dinosaur sfida Mai, la quale ha già conquistato diverse stelle. La donna lo convince a battere prima Jonouchi, promettendogli una sfida in caso di vittoria. Jonouchi accetta la sfida, a condizione che Yugi non gli dia alcun suggerimento pena la squalifica. Il deck di Dinosaur è imperniato su dinosauri e draghi, che Jonouchi riesce però a sconfiggere grazie allo Spadaccino di fuoco (tali mostri sono infatti deboli alle fiamme) e ad una carta donatagli da Honda.