Dopo aver conquistato Battle City, l'altro Yugi ha ottenuto tutte e tre le carte divine e ora richiede tutti e sette gli oggetti del Millennio per sbloccare i suoi ricordi perduti. Bakura ancora una volta fa finta di essere fedele a Yugi e gli cede l'Occhio del Millennio che ha preso da Pegasus prima della sua morte, promettendo in seguito l'anello. Un misterioso uomo di nome Bobasa si offre come guida per l'altro Yugi sotto gli ordini del loro vecchio nemico Shadi, promettendogli la Chiave del Millennio e le Scaglie di Shadi. Quando Yugi e i suoi amici arrivano al museo, l'altro Yugi sembra scomparire nel mondo della memoria, dove Yugi e gli altri suoi amici (eccetto Bakura, che è escluso perché Bobasa aveva percepito una presenza malvagia nel suo cuore) decidono di entrare nel Puzzle per trovare la vera stanza del Mondo della Memoria usando la Chiave del Millennio, guidata da Bobasa, per trovare l'altro Yugi. Tuttavia, l'altro Yugi è stato effettivamente trasportato sul retro del museo per giocare contro il Bakura oscuro nell'Ombra RPG, una rievocazione della storia basata sui giochi del Puzzle, con il personaggio del giocatore che è il suo passato, il giovane faraone aiutato dai suoi sei sacerdoti. Per impedire a Bakura di resuscitare il dio malvagio Zorc e salvare le anime dei suoi amici intrappolati nel mondo di gioco, deve sconfiggere Bakura nel gioco di ruolo. Allo stesso tempo, Yugi e i suoi amici devono cercare il vero nome dell'altro Yugi come NPC nell'antico mondo di gioco egiziano che assomiglia al passato, devastato dal vendicativo re dei ladri.