Dopo aver sconfitto diversi avversari, Yugi raggiunge infine Pegasus. È giunto il momento del confronto finale del Regno del Duellante. Pegasus che inizia il duello in vantaggio, in quanto l'occhio del Millennio gli consente di leggere tutte le carte e le strategie di Yugi, rendendolo in grado di contrastare ogni mossa che fa. Pegasus affronta completamente Yugi usando la sua carta vincente: "Toon World". Quando Yugi sembra essere senza speranza, si presenta un modo per contrastare l'occhio del millennio: Yugi e il suo alter ego iniziano a scambiarsi costantemente le menti. Con Pegasus incapace di leggere le sue strategie, Yugi riesce a tornare e annienta i Toon Monsters di Pegasus. Yugi sembrava aver dominato il duello, ma Pegasus lo trasforma in un Gioco dell'Ombra, mettendo in pericolo il normale Yugi, mentre prende ancora una volta il comando con il suo "Rinunciato". Pegasus riesce a portare fuori il normale Yugi, e cerca di mettere l'altro Yugi nel suo "Sacrificio Combo" e il potere del suo occhio. Tuttavia, la connessione tra il cuore di Yugi e quello del suo amico permette a Yugi di trasformare i tavoli usando la carta che gli è rimasta dall'altra parte. Usando la carta che il suo altro sé gli ha lasciato, l'altro Yugi riesce finalmente a sconfiggere Pegasus. Il duello tra Yugi e Pegasus è finalmente finito. In seguito, Pegasus racconta a Yugi e ai suoi amici la sua tragica storia.