Per motivi ancora da scoprire, le TMNT hanno lasciato New York e si sono separate. Una forza misteriosa, però, si appresta a farle tornare a casa, e Raffaello, che al momento si trova in carcere, dovrà trovare il modo di evadere per avvertire i suoi fratelli del pericolo imminente. Inoltre: un prologo con protagonista Donatello e un breve salto nel passato dei nostri eroi.