Il gioco dell'Armageddon, penultimo capitolo. Mutant Town è stata attaccata dagli Utrom, la popolazione di New York crede che le Tartarughe Ninja siano dei terroristi e, su Burnow Island, Seri è in cerca di vendetta. La situazione è disperata e, anche con l'aiuto di vecchi e nuovi alleati, le TMNT rischiano di capitolare. Intanto, dietro le quinte, il Re dei Topi si gode il caos che ha scatenato...