Dopo aver scoperto i piani di Baxter Stockman, April O'Neil è riuscita a sfuggire a un agguato e avvertire i suoi amici del pericolo che corre Mutant Town. Intanto, una manifestazione di protesta rischia di sfociare nel caos, mentre all'orizzonte si preannuncia un nuovo scontro tra le Tartarughe Ninja e i Mutanimali guidati da Vecchio Diavolo.