Le conseguenze della bomba mutagena fatta esplodere da Vecchio Diavolo a New York continuano a farsi sentire in maniera sorprendente. E mentre il governo fatica a gestire una crisi umanitaria senza precedenti, i mutanti cominciano a scomparire. Per venire a capo del mistero, le Tartarughe Ninja dovranno immergersi (letteralmente) nel cuore della Grande Mela! Inoltre, la fine della prima avventura in solitaria di Jennika.