Il prologo riprende la narrazione dalla fine del combattimento contro Hades, durante il quale il Re degli Inferi riconosce in Seiya di Pegasus la reincarnazione di colui che 240 anni prima era stato un suo vecchio amico. La storia poi si sposta proprio nel 1743, agli albori dell'ultima Guerra Sacra. Promossi al rango di nuovi Gold Saint, Shion di Aries e Dohko di Libra cercano il giovane Alone, nel cui corpo Hades vuole reincarnarsi, per ucciderlo. Tenma, Sacro Guerriero di Pegasus dell'epoca e amico del giovane, si interpone e ferma il loro attacco. Nella confusione, Alone viene portato da Pandora in un antico tempio, dove la donna risveglia l'anima del Dio donandogli la sua antica spada. Al Cosmo di Hades risorge il suo castello, circondato da una barriera che riduce la forza degli avversari. In quel momento Shion, Dohko e Tenma vengono attaccati da Vermeer di Griffon e Suikyo di Garuda. In quest'ultimo Tenma riconosce il Silver Saint di Crateris, suo antico maestro e amico di Shion e Dohko. A seguito dell'attacco, Suikyo si ritira e i tre Saint risanano le ferite grazie alle miracolose acque contenute nel Cloth di Crateris, lasciato tempo prima da Suikyo a Tenma. Ma la sacra veste ha un'altra incredibile proprietà: nelle sue acque, infatti, i tre scorgono con apprensione i loro misteriosi futuri.