Agenti dello SHIELD # 5 | Il nuovo capo dello S.H.I.E.L.D : Elektra

Nella base dello SHIELD in Arizona, Leo Fitz accusato da Elektra di essere un traditore, lancia una granata e tramite un dispositivo di teletrasporto sparisce. Fuori dalla base Grant Ward esegue una ricognizione aerea confermando che Fitz è scomparso. Elektra riferisce a Deathlok e Mimo, che si chiedono cosa stia succedendo, di aver preso il posto di Phil Coulson e di aver ricevuto l'incarico da Maria Hill e Capitan Marvel di catturare il loro ex capo. Nel frattempo Phil Coulson raggiunto da Leo e da Daisy Johnson dice ai suoi compagni di essere venuto a conoscenza - utilizzando il robot SHERBIE come spia - di una nuova premonizione di Ulysses in cui il mutante Jonas Graymalkin compie un attentato terroristico. Deciso a fermarlo, Coulson, Fitz e Quake raggiungono il vagone del treno in cui si trova Graymalkin ma presto si rendono conto di essere finiti in una trappola architettata dallo SHIELD che gli ha fornito delle false informazioni solo per poterli catturare. Quake riesce a fuggire portandosi dietro Fitz ma Coulson viene catturato da Elektra e dai suoi ex compagni. Nel frattempo Jemma viene sottoposta al trattamento Deathlok.

Espulso dallo SHIELD per aver impedito la cattura di Iron Man, Phil Coulson si trova agli arresti per essersi introdotto nei sistemi di sicurezza dell'organizzazione segreta. Il suo posto è stato preso da Elektra che ora guida parte della sua ex squadra. Nel frattempo Jemma Simmons è caduta in coma dopo essere stata sottoposta da Hayes alla procedura Deathlok per fermare la degenerazione cellulare che la stava uccidendo. Quando Jemma si risveglia in un corpo per metà cibernetico, disorientata e confusa, comincia ad attaccare i suoi colleghi. Con la complicità di Melinda, Coulson viene liberato riuscendo a calmare Jemma e a riportare a galla la sua umanità. Tornata in sè Jemma ringrazia Henry Hayes per avergli salvata la vita. Maria Hill si rende conto del valore di Coulson e decide di liberarlo a patto che si tenga fuori dalla guerra civile in corso. Coulson però non riesce a stare tranquillo e con l'aiuto dell'agente Fitz riesce a ottenere una confessione del generale Walter Strakofsky il quale stava approfittando dell'attuale stato di crisi per vendere illegalmente delle armi in Russia. Strakofsky viene arrestato e Coulson, colpito alla spalla da un colpo di pistola, riceve all'ospedale la visita dell'agente Carter che lo informa che è stato reintegrato nello SHIELD.

Ava Orlova, la Vedova Rossa, ricorda il duro addestramento della Stanza Rossa e la relazione avuta in quel periodo con Alexei Romanoff, il fratello della Vedova Nera, poi ucciso dalla Stanza Rossa. Ora, al fianco della Vedova Nera, si trova tra le fila dello SHIELD in cerca di vendetta.