Yuichiro "Yu" Hyakuya e Mikaela "Mika" Hyakuya sono i membri più anziani dell'orfanotrofio Hyakuya, tenuti con altri bambini come bestiame nella città vampiresca di Sanguinem, dopo che un virus ha ucciso la maggior parte della popolazione umana adulta. Mika dopo essere entrato nelle grazie di Ferid Bathory, il settimo capostipite tra i ranghi dell'aristocrazia vampiresca, ruba una mappa e una pistola per portare gli altri fuori da Sanguinem. Il nobile vampiro Ferid Bathory tuttavia interviene e massacra gli orfani per divertimento. Yu sopravvive sparando a Ferid in testa, e fugge all'esterno della struttura dove verrà portato via da Guren Ichinose, il leader della Compagnia Demoniaca della Luna incaricata di combattere contro i vampiri. Quattro anni dopo, a causa del suo comportamento individualista, Yu viene sospeso dalla compagnia fino a quando non si farà dei nuovi amici, il tutto sotto la sorveglianza di Shinoa Hiragi, il sergente di Guren. Quando un vampiro si infiltra nella loro scuola, Yu e l'adolescente Yoichi Saotome collaborano insieme per fermarlo. Guren alla fine uccide il vampiro e lascia che Yu e Yoichi si uniscano alla Compagnia Demoniaca della Luna. Yu apprende poi da Shinoa che un'Arma Demoniaca deve essere usata per uccidere un vampiro, poiché le altre armi non hanno effetto. Yu riesce anche a salvare un compagno di scuola che era stato posseduto dal demone di un'arma. Altrove, all'insaputa di Yu, Mika viene mostrato vivo e collabora con i vampiri.