Il Pain principale è il corpo di Yahiko, ma Jiraiya non capisce se questi è Pain o se lo è Nagato, il cui Rinnegan contraddistingue i Pain. L'eremita uccide il Mondo Animale che spedisce alla Foglia con Shima. Per svelare l'identità del nemico, Jiraiya si sacrifica e ne scrive, cifrandolo, il segreto sulla schiena di Fukasaku. Dopo di che muore ed affonda. Kisame intercetta la Serpe e, per ordine di Itachi, concede solo a Sasuke di passare. Naruto ed il suo gruppo si imbattono in Tobi che impedisce loro di raggiungere Sasuke, il quale arriva da Itachi. I due fratelli cominciano a combattere con tecniche illusorie ed Itachi spiega di avere sterminato il clan con Madara, del quale rivela la storia. Quando Sasuke annienta lo Tsukuyomi, Itachi è in svantaggio ed è costretto a ricorrere ad Amaterasu.