Tornati alla Foglia, Kakashi è costretto a restare in ospedale per avere utilizzato troppo lo Sharingan. Intanto, il gruppo pianifica di catturare la spia di Sasori per trovare il rifugio di Orochimaru e recuperare Sasuke. La squadra viene integrata da Yamato, un membro della Squadra Speciale, e da Sai, un membro della Radice, gruppo di ninja guerrafondai capitanati dall'anziano Danzo. Sia Naruto che Sakura pero hanno problemi a relazionarsi con Sai. All'incontro, Yamato si finge Sasori. Si scopre che la spia è Kabuto e che è stato pedinato da Orochimaru.