Mazinger Z e' stato sconfitto dalle forze di Mikene, ma il Grande Mazinger ha preso il suo posto per proteggere la pace del mondo! I nemici questa volta sono pero' ben diversi dal pazzo megalomane dottor Hell: perfidi e spietati, non sembrano avere nessuna remora neppure a uccidere o a rapire dei bambini. La vittima della prima operazione dello spionaggio di Mikene, guidato da Argos e dal fedele Duca Gorgon, e' proprio Shiro Kabuto, che finisce involontariamente per rivelare al nemico la posizione della segretissima Fortezza delle Scienze....