Dopo aver riportato un fragile equilibrio sulla Terra, Godzilla sembra svanire nel nulla. Ma la pace dura poco. Dalle profondità degli oceani emerge una minaccia antichissima pronta a reclamare il pianeta, mentre i Kaiju Watchers e le forze militari cercano disperatamente un modo per fermarla. Mostri leggendari convergono in una battaglia senza precedenti che decide il destino dell'umanità e, quando tutto sembra concluso, una nuova ombra si allunga sul mondo. Un antico nemico prepara infatti il proprio ritorno, affiancato da alleati inattesi, MechaGodzilla e nuovi piani di conquista destinati a trascinare Terra e kaiju verso uno scontro ancora più devastante.