“Quel giorno, Godzilla ci ha salvati.” Con queste parole la dottoressa Yuko Honda ricorda il terribile momento in cui, quando era ancora bambina, rischiò di essere uccisa durante un attacco del mostruoso Hedorah. L’intervento di Godzilla però, fermò la gigantesca creatura e salvò Yuko insieme a centinaia di altre persone. Oggi, dopo tanti anni, quella bambina è diventata una rispettata professoressa e scrittrice e ha dedicato la sua vita a cercare di dimostrare che Godzilla e gli altri kaiju non sono i terribili mostri che tutti pensano. Ma quando un nuovo kaiju attacca il Giappone, le convinzioni di Yuko verranno messe a dura prova: se Godzilla non difenderà l’umanità, chi la salverà dalla furia del malvagio Zoospora?