La lotta tra G.I. Joe e Cobra entra in una nuova fase quando una frattura interna all'organizzazione di Cobra scatena il violento attacco dei Dreadnok. Costretti a combattere su più fronti e a stringere alleanze del tutto imprevedibili, i protagonisti affrontano uno scontro destinato a ridefinire gli equilibri dell'Energon Universe, anche in funzione dell’entrata in scena dei Transformers. Mentre nuove minacce emergono e il conflitto si estende ben oltre il tradizionale confronto tra Joe e Cobra, ogni scelta può cambiare il destino dei protagonisti e dell'intero universo narrativo.