Shuichi Akai viene notato anche da Ran a casa di Miwako Sato dove i ragazzi e il dottor Araide si sono recati per aiutare l'agente Takagi a impedire il fidanzamento della donna con Ninzaburo Shiratori. Ran pensa di averlo già visto da qualche parte. A san Valentino Ran e Sonoko si recano in montagna per preparare dei dolci al cioccolato. Qui una persona, la cui descrizione somiglia molto a quella di Akai, si aggira per il bosco e Ran è sempre più convinta di aver già visto quell'uomo. In realtà si rivelerà essere non Akai, ma Makoto Kyogoku. L'agente Takagi informa Conan che tutti i fascicoli riguardanti i casi di Kogoro sono stati prima rubati, e poi riconsegnati misteriosamente. Il giorno del furto coincide con quello del dirottamento dell'autobus. Conan pensa immediatamente ad Akai e all'organizzazione. Temendo per l'incolumità di Kogoro e Ran, il ragazzo si precipita in casa: fortunatamente entrambi sono al sicuro, ma Conan non si accorge che Akai sta spiando i loro movimenti. Ran, Sonoko e Jodie vengono coinvolte di nuovo in un caso.