In un flashback si vede Wataru Date, il mentore di Takagi, parlare con quest'ultimo di un uomo che era più bravo di lui all'accademia di polizia e di cui ha poi perso le tracce. Dopo che Takagi si è recato sulla tomba di Date, si vede Amuro allontanarsi da essa e cancellare un messaggio di Date in cui quest'ultimo gli chiedeva di farsi vivo. Amuro ha lasciato un'offerta sulla sua tomba e pensa a lui definendolo "amico mio". Ai sembra iniziare a fidarsi di Okiya, e per la prima volta i due rimangono soli: Ai per provocarlo gli chiede perché non la carica sulla sua macchina con la forza, e lui le risponde che non farebbe mai una cosa così grezza e pensa "devo mantenere la promessa fatta a lei". Poi Ai si accorge che Okiya non si scopre mai il collo, quindi cerca qualcosa sotto la sua sciarpa mentre lui dorme in auto, ma viene interrotta dallo stesso Okiya che le afferra la mano e le dice "da qui in poi è territorio privato". Avviene poi il primo incontro fra Okiya e Sera in casa Kudo. Sera rimane a bocca aperta vedendolo, mentre Okiya sembra voler evitare di parlare davanti a lei come se non volesse farle sentire la sua voce, approfittando del fatto che in quel momento si stava lavando i denti nel bagno. Non appena Sera, Ran e Sonoko cambiano stanza, Okiya tira fuori un pettine che stava tenendo nascosto nella manica della sua giacca a vento. Sera trova nella cucina alcune tracce che sembrano dimostrare che una donna sia stata in quella casa poco tempo prima e dice che probabilmente è stato Subaru a portarla lì, dato che non si presentano né Yukiko né Shinichi da molto tempo. I ragazzi cercano di risolvere un caso e Okiya propone di chiamare Kinichi (il nome fasullo che Ran aveva inventato per evitare di parlare di Shinichi in sua presenza, su richiesta dello stesso Shinichi) ma, data la presenza di Sera, l'inganno viene subito svelato e Ran è costretta a dirgli che lo Shinichi che vive lì non è altri che il detective di cui aveva parlato. Okiya però rivela di aver creduto alla bugia anche perché aveva sentito dire che il detective liceale aveva perso la vita. Sera gli dice che ha avuto contatti con Shinichi per telefono e Ran deve scusarsi con Okiya, ammettendo che Shinichi le aveva chiesto di non parlare di lui con Okiya e chiede sempre di tenere nascosta la sua partecipazione alle indagini. Ran telefona a Shinichi e quindi Conan è costretto a nascondersi nel bagno per usare la voce di Shinichi con il modulatore vocale a forma di papillon e parlare con Ran, ma si può vedere Okiya spiarlo e pensare "dunque le cose stanno così". Sera si accorge poi che Conan ha lasciato un papillon attaccato al telefono. Alla fine del caso vediamo Sera tornare a casa con le lacrime agli occhi poiché le "dispiace" di essere "cattivo" (continua a parlare di sé al maschile). Giorni dopo, i Detective Boys si recano in campeggio mentre Ran e Kogoro sono al Poirot e vengono serviti da Amuro, il quale ha una strana reazione quando Sera telefona a Ran chiedendole dove si sia diretto Conan. Mentre sono diretti al campeggio Conan scopre che Ai possiede un antidoto per l'APTX 4869 e vorrebbe usarlo, ma gli viene proibito dalla stessa Ai, che è stufa di vederlo utilizzare il farmaco a sproposito. Conan e Agasa incontrano Sera mentre sono al supermercato e lei si unisce a loro, mentre Ai e i Detective Boys assistono alla sepoltura di un cadavere da parte di un assassino, che li insegue nel bosco; i bambini sono costretti a rinchiudersi in una capanna, la quale si rivela essere la scena primaria del delitto. L'assassino decide di dare fuoco alla capanna per sbarazzarsi di loro, ma i Detective Boys sono convinti che Conan noterà il fumo e verrà a salvarli. Questo accade ma il fumo viene scambiato per l'accampamento di alcuni turisti, perciò i ragazzi hanno perso ogni speranza, soprattutto rendendosi conto che Ayumi sta per morire asfissiata. Improvvisamente però la porta dell'unica stanza della capanna si apre e con le fiamme alle spalle esce fuori una donna con un'ascia insanguinata in mano: la donna è Shiho, ovvero Ai che ha assunto la pasticca ed è tornata adulta per salvare i suoi amici dall'incendio. La ragazza viene filmata di nascosto con il cellulare da Mitsuhiko poiché i ragazzi voglio inviare un video al detective Kogoro per scoprire chi sia la donna che li ha portati in salvo, ma Sera gli chiede prima di poterlo vedere. Il ragazzino glielo mostra e Sera sembra scioccata. Conan corre nel bosco cercando disperatamente Shiho e urlando il suo nome quando improvvisamente la ragazza, nascosta dietro un albero, gli fa lo sgambetto rimproverandolo di essere arrivato tardi. Nell'attesa che l'effetto dell'antidoto svanisca Conan le dice di nascondersi in una tenda. La notte stessa in agenzia Ran e Kogoro stanno cenando e parlando dell'accaduto ai Detective Boys quando Ran sente dei rumori provenire dalle scale del piano di sotto, ma il padre la rassicura dicendole che si tratta del forte vento. La scena si sposta nell'ufficio completamente in ombra nel quale si vede che qualcuno si è intrufolato di nascosto: è Amuro con indosso una tuta, un cappello e dei guanti che sta accedendo al computer di Kogoro per vedere il filmato inviato dai Detective Boys, inserendo la password che giorni prima si era ingegnosamente fatto rivelare da Kogoro, ma non appena il video parte Amuro sembra non credere ai suoi occhi nel vedere Shiho e ingrandisce nella sua mano, la quale mostra l'anello che vale da pass per accedere al Bell Tree Express, un treno che partirà la settimana successiva, intuendo quindi che la ragazza si imbarcherà lì. A un certo punto però Amuro si accorge che il computer sta subendo un hackeraggio e il ragazzo si domanda chi ci sia dietro. L'ultima scena mostra la casa di Shinichi, nella quale Okiya è seduto a una scrivania circondato da tre computer e sta sorseggiando del Bourbon con aria compiaciuta.