Nella casa di montagna di Sonoko Suzuki, un'amica di Ran, viene commesso un atroce omicidio da parte di un misterioso uomo bendato. In seguito costui tenta a più riprese di uccidere Ran, che si salva grazie a Conan. Il ragazzino alla fine riesce a risolvere brillantemente il caso. Un giorno, a casa del detective Kogoro si presenta una donna che dice di essere la madre di Conan. Il giovane sa che non è vero ma, per non mettere in pericolo Ran, fa finta di niente e la segue. Una volta in macchina, la donna fa capire a Conan di far parte dell'organizzazione e di sapere che lui in realtà è Shinichi Kudo. Dapprima Conan riesce a scappare ma, una volta arrivato all'abitazione di Agasa per chiedergli aiuto, viene riacciuffato e addormentato dalla donna. Conan si risveglia in un luogo sconosciuto e nota che la donna è accompagnata da un misterioso uomo mascherato. Dopo aver sentito che lo vogliono uccidere, il ragazzo decide di nascondersi per far credere ai due di essere scappato. I rapitori, convinti della fuga del ragazzo, si recano a un appuntamento con una persona per appurare il reale effetto del farmaco dell'organizzazione. Conan inizia a cercare tracce per scoprire il luogo dell'appuntamento in modo da riuscire a recuperare il farmaco che l'ha fatto tornare bambino.