Kogoro viene contattato da tre persone per ritrovare l'ingegner Itakura che sembra essere scomparso senza aver terminato i lavori commissionati. Conan riesce a capire che l'ingegnere era stato ingaggiato anche dall'organizzazione per programmare un altro software, e aveva incontrato Tequila. In preda ai sensi di colpa, Itakura non aveva completato il lavoro e si stava organizzando per fuggire all'estero. Conan scopre che uno dei committenti degli altri lavori ha ucciso l'uomo prima che lui potesse espatriare. Il piccolo detective riesce a recuperare dalla scena del crimine uno dei floppy disk di Itakura. A fine caso Conan e Ran incontrano casualmente Shuichi Akai, e qui la ragazza rivela di conoscerlo e di averlo visto con la giacca dell'FBI. Tornato a casa, Conan corre subito dal dottor Agasa, grazie al quale riesce a scoprire che Itakura teneva su quel floppy una specie di diario segreto contenente dei messaggi nascosti: Itakura scrisse che non poteva completare il lavoro per l'organizzazione "per il bene dell'umanità" e che, chiedendo chi fosse a una donna dell'organizzazione, ricevette la risposta "We can be both God and the Devil, since we're trying to raise the dead against the stream of time", ovvero "Possiamo essere sia Dio che il Diavolo, in quanto, contro lo scorrere del tempo, stiamo cercando di resuscitare i morti". In seguito a questa frase, Conan decide di andare con il dottor Agasa nella casa di montagna dell'ingegner Itakura, dove l'uomo teneva nascosto il software ancora incompleto, e una volta lì, ricevono un'inaspettata chiamata di Vodka, con il quale Conan, usando la voce di Itakura, si metterà d'accordo per uno scambio.