Gotham City non è più la stessa. I penitenziari di Arkham e Blackgate sono stati chiusi e le autorità hanno trasferito i detenuti delle due strutture in un'area della città denominata Arkham City, creata con lo scopo di separare la gente comune dai criminali. La gestione di questa zona protetta è affidata al dottor Hugo Strange, un abile studioso che sta tramando nell'ombra per consolidare il proprio potere. Arkham City nel frattempo si è trasformata in una terra di nessuno in cui le spietate bande guidate dai freak più pericolosi di Gotham lottano per la supremazia e a dominare è esclusivamente la legge del più forte. Chi prevarrà?