Maka, Soul, Black Star e Tsubaki sono sopraffatti in battaglia contro Franken Stein, il più potente mago che si sia mai diplomato alla Shibusen, il quale rivela che la lotta è stata preparata per il loro corso di recupero e continua ad insegnare alla Shibusen. Kid decide di iscriversi alla Shibusen e mostra il suo immenso potere in battaglia contro Soul e Black Star, che sono incompatibili tra loro. Maka e Soul incontrano Crona, la portatrice della spada demoniaca Ragnarok, che assorbe le anime umane sotto gli ordini della strega Medusa e rischia di trasformarsi in un kishin, un dio demone che potrebbe immergere il mondo nel caos e nella follia. Soul è gravemente ferito mentre protegge Maka nella battaglia contro Crona, che viene sconfitta da Stein e Spirit, il padre di Maka.