Sono passati tre anni dalla partenza di Boruto e Sasuke. Shikamaru è diventato l'ottavo Hokage e Konohamaru il suo braccio destro. Tutti considerano Boruto un traditore, ad eccezione di Sarada, Sumire e Himawari. Code invade il villaggio con il suo esercito di mini decacoda in forma umanoide, in grado di trasformarsi in alberi e inglobare gli esseri umani, e tenta di uccidere Sarada ma viene fermato da Boruto. Boruto sconfigge Code usando la sua nuova tecnica, il Rasengan Uzuhiko, ma Code riesce a scappare grazie all'intervento di Kawaki. Boruto utilizza la tecnica del trasferimento istantaneo per recarsi nel nascondiglio di Code e fermare il Decacoda, ma scopre che il mostro si è diviso in quattro esseri senzienti in forma umanoide in grado di trascendere l'istinto di mangiare gli Ootsutsuki, mentre Code scappa. Boruto fugge cosi in un luogo sconosciuto in compagnia di Kashin Koji e Sasuke, "inglobato" in un albero.