Ultimate X-Men Deluxe # 2 | Ritorno ad Arma X

Wolverine, alla ricerca di informazioni sul suo passato, giunge, aiutato da Xavier, in una base abbandonata di Arma X. Intanto nella base operativa di Arma X, attualmente situata in Finlandia, il prigioniero mutante chiamato Nigntcrawler (un teleporta dall'aspetto di demone contrassegnato con un simbolo "X3" sul braccio) cerca di fuggire ma viene catturato dal colonnello Wraith e dalla sua squadra (che sembra far parte dello SHIELD). Intanto Ciclope, Colosso e Tempesta sono in Giappone per un'apparizione televisiva. All'uscita Colosso viene toccato da una misteriosa ragazza: il suo nome è Rogue, una mutante schiava di Arma X capace di assorbire i poteri e i ricordi della gente che tocca e che è stata mandata lì da Wraith per conoscereil luogo in cui si trova la base segreta degli X-Men.

Wolverine e Ciclope giungono a New York per intimidire, e far cambiare idea, un capo della mafia russa che continuava a pretendere le prestazioni lavorative di Colosso minacciando la sua famiglia. Nel frattempo, mentre si consolida il rapporto tra Hank e Ororo, Bobby torna alla villa di Xavier dopo una breve vacanza. Charles scopre che il ragazzo ha trovato una fidanzata alla quale ha raccontato ogni particolare della scuola, così, di comune accordo con Jean, decide di cancellare dalla sua mente il ricordo della ragazza.
La quiete viene interrotta quando, partito Logan, il colonnello John Wraith guida alcuni mutanti del progetto Arma X (il Fenomeno, Sabretooth, Rogue e Nightcrawler) all'attacco della scuola riuscendo a far prigionieri tutti gli studenti.

Nick Fury viene catturato in India mentre stava cercando di smantellare una fabbrica illegale di genoma umano. Preoccupato che qualcuno possa rubare i segreti dello Shield, il generale Ross incarica Wraith di usare la squadra di mutanti di Arma X per andare a recuperarlo. Nel frattempo gli X-Men sono tenuti prigionieri proprio da Wraith, che sottopone la Bestia ad alcuni interventi chirurgici per aumentare i suoi poteri mutanti, facendolo diventare peloso e blu. Ciclope e Jean pensano ad un piano di fuga, ma non sanno come liberarsi delle microbombe che portano sottopelle e che esploderebbero se loro si allontanassero. Gli inermi X-Men sono così costretti ad andare in Nepal per recuperare il colonnello Nick Fury.

Gli X-Men sono costretti ad affrontare una missione per conto di Arma X. Mentre l'Uomo Ghiaccio, Bestia e Colosso recuperano Nick Fury, che insieme ai suoi rapitori si stava dirigendo in Nepal, Ciclope, Tempesta, Nightcrawler e Marvel Girl riescono a penetrare nella base supersegreta in India per scoprire che Fury aveva trovato un bestione sperimentale prodotto da 57 geni mutanti. Scott fa esplodere il mostro mentre Jean è costretta da Wraith a uccidere il professore a capo del progetto. Il gruppo dei giovani mutanti torna nelle loro celle ad Arma X e la speranza espressa da Piotr che Wolverine possa trarli in salvo, si frantuma quando Logan viene fatto prigioniero da un crudele Sabretooth.

In un flashback del passato, durante la guerra in Kuwait, Wolverine, in uno stato più bestiale che umano, attacca un commilitone di arabi trovando Nick Fury quasi morto, sadicamente torturato e senza un occhio. L'uomo/animale al servizio di Arma X riporta Nick Fury al campo guidato dal colonnello Wraith.
Nel presente, NickFury tornato dalla sua fallita missione, riceve un messaggio in segreteria da parte di Wolverine. Intanto si incomincia a intuire il piano di Wraith: utilizzare gli X-Men, Wolverine e lo stesso Xavier, per eliminare lo SHIELD, intenzionato a smantellare il progetto Arma X. Mentre Wolverine viene torturato da Sabretooth, il Dottor Cornelius scopre che Logan ha nel suo corpo un dispositivo di localizzazione. Nello stesso istante la corrente viene tolta all'interno della base e gli X-Men, finalmente liberi, si ritrovano spettatori dell'attacco della ex Confraternita di Magneto al Quartier Generale di Arma X. Scarlet, usando la sua magia, toglie le microbombe dall'interno delle teste dei prigionieri.

Gli X-Men e la Confraternita attaccano la base di Arma X mentre Sabretooth e Wolverine lottano nella foresta. John Wraith, prima di fuggire, spara dei colpi di pistola contro Charles Xavier per evitare che usi i suoi poteri. Il tempestivo intervento del dottor Cornelius e della Bestia riescono a salvare il mentore degli X-Men. Mentre Wolverine esce vittorioso dallo scontro con Sabretooth, Jean Grey si oppone alla Confraternita e parte degli X-Men che vuole uccidere Wraith. Proprio in quel momento sopraggiunge Nick Fury che, insieme agli uomini dello Shield, uccide John Wraith. La Confraternita, insieme a Rogue e al Fenomeno, vanno via, Nightcrawler torna in Germania e Charles Xavier, mentre parla con Jean, gli confida che Magneto è ancora vivo, che il suo piano sta andando meglio di quanto lui sperasse e che crede anche nella futura unione della Confraternità agli X-Men.